Episodio 1
Verso il cielo in cui fluttuano i petali di ciliegio
Rebecca Bluegarden fa visita al Regno di Granbell ormai quasi deserto. Là incontra l'unico abitante umano, Shiki, che vuole esserle amico.
Episodio 2
La ragazza e il gatto blu
Rebecca incoraggia Shiki a registrarsi come avventuriero mentre si dirigono a Blue Garden, ma gli chiede anche di diventare guardia del corpo per lei e Happy.
Episodio 3
Gli avventurieri
Quando la famosa B-Cuber Labilia deride il canale B-Cube di Rebecca, considerandolo inferiore, Shiki perde la calma, poi ottiene la registrazione come avventuriero.
Episodio 4
L'uomo chiamato Weisz
Sul pianeta Norma il tempo è 50 anni nel passato e Happy e Rebecca incontrano un giovane Professor Weisz Steiner, lo stesso che anni prima aveva salvato la vita a Happy.
Episodio 5
Scontro con la Sibir Family!
Shiki e la banda si intrufolano nel nascondiglio di Sibir per riprendersi Pino, ma Weisz approfitta del caos e cerca di tenere Pino per sé.
Episodio 6
Skull Fairy
Mentre Shiki e i suoi faticano a far decollare Aqua Wing da Norma, Weisz si materializza davanti a loro offrendo aiuto... ma in cambio vuole qualcosa.
Episodio 7
La corazzata del Re Demone
Shiki sale sulla nave pirata Skull Fairy e si dirige subito sul ponte per affrontare Elsie Crimson in battaglia e conquistare il vascello.
Episodio 8
L'autostrada dove fischia il vento
Witch informa Shiki che ora è lui il possessore della Edens Zero, poi gli spiega che la nave non è ancora ritornata alla piena potenza.
Episodio 9
Il pianeta Guilst
Mentre Shiki e gli altri si precipitano a salvare Rebecca, Weisz torna sulla Edens Zero assieme a una donna di nome Homura.
Episodio 10
Piano di fuga senza vestiti
Homura usa i suoi poteri Soul Blade per respingere gli uomini di Sister. Nel frattempo Rebecca pianifica la fuga dalla Illega Tower.
Episodio 11
Sister Ivry
Il Cronofago si avvicina inesorabilmente al pianeta Guilst e Shiki è disgustato nel vedere che Sister usa Jinn come scudo. Poi improvvisamente appare un'altra Sister!
Episodio 12
Nuove amicizie
Witch e Sister Ivry sono finalmente riunite e Homura rivela la vera motivazione che l'ha spinta a venire a bordo della Edens Zero.
Episodio 13
Il pianeta ultra virtuale
Dopo aver trovato Hermit sulla collina, la squadra deduce che si trova in uno stato di standby anormale a causa del suo cuore spezzato.
Episodio 14
La ragazza sulla collina
La squadra entra nel pianeta virtuale di Digitalis in cerca di Hermit, ma quando la trovano lei rifiuta categoricamente di tornare sull'Edens Zero.
Episodio 15
Il grande Kaiju Shiki
Homura dichiara di volersi unire alla banda di Drakken Joe, ma Shiki e gli altri rimangono sconvolti quando si trovano davanti un'altra Homura.
Episodio 16
Fuochi d'artificio
Spider si infiltra nel sistema dell'Edens Zero e inizia a distruggere la navicella dall'interno. Solo Hermit è in grado di fermarlo.
Episodio 17
Il tempio della conoscenza
Per trovare la quarta stella luminosa del Re Demone, Shiki e compagni si dirigono sul pianeta del tempo, Mildian.
Episodio 18
Le parole ti daranno la forza
Al Battle Colosseum, Xiaomei dice a Shiki e alla squadra che darà loro le informazioni che vogliono a patto che sconfiggano gli avversari.
Episodio 19
Dal pianeta dell'eternità
Dopo aver ottenuto le informazioni di cui avevano bisogno da Xiaomei, l'Edens Zero fa rotta verso il pianeta Sun Jewel per riunire Homura con la sua maestra.
Episodio 20
Gli Stone
Shiki e Homura si ritrovano nei campi di lavoro dove devono raccogliere preziose unità metal per la misteriosa Madame Kurenai.
Episodio 21
Ripartenza
Nino conduce Rebecca, Pino e Happy nei campi di lavoro dove incontrano un uomo di nome Paul che afferma di essere un discepolo di Valkyrie.
Episodio 22
Mia madre, la macchina
Homura è una bambina in un pianeta devastato dalla guerra quando Valkyrie la prende sotto la sua ala protettrice allevandola come una figlia.
Episodio 23
Fino al giorno in cui diventerà una forza
Shiki e gli altri affrontano Madame Kurenai. Alla vista di Valkyrie, Homura è sopraffatta dalla tristezza, mentre Drakken Joe si infiltra nell'Occhio Cremisi.
Episodio 24
Prendere il testimone
Baku è sconfitto senza difficoltà, grazie all'arma Arsenal di Weisz. Mentre Shiki combatte contro il Knight Gear di Madame Kurenai, Rebecca lotta con Nino.
Episodio 25
Qualcuno da amare
Alla fine della battaglia tra il Dragone Kurenai e Shiki, questa torna con i suoi sull'Edens Zero per condividere le brutte notizie con il resto della squadra.
Episodio 26
Belial Gore
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Episodio 27
Element 4
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Episodio 28
Il vento soffia per il Sakura Cosmos
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Episodio 29
Numero 29
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Episodio 30
Mediazione
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Episodio 31
Il nostro futuro
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Episodio 32
4 contro 4
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Episodio 33
La spada della Edens
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Episodio 34
Shiki contro Drakken
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Episodio 35
L'avvento del Re Demone
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Episodio 36
Edens One
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Episodio 37
Scontro nello spazio
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Episodio 38
La donna chiamata pirata
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Episodio 39
La mia amata Nadia
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Episodio 40
Una macchina capace di amare
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Episodio 41
Vita da cani
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Episodio 42
La battaglia di Foresta
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Episodio 43
Star Drain
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Episodio 44
Mia adorata ferraglia
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Episodio 45
Kiss & Die
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Episodio 46
Il sistema apocalisse
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Episodio 47
Oceans 6
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Episodio 48
Il giorno del giudizio
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Episodio 49
Un'oasi nel deserto
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Episodio 50
Preludio alla grande guerra di Aoi
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