Episodio 1
Un rifugio per tutti (prima parte)
L'enigmatica Dottoressa Helen Magnus recluta lo psichiatra forense Will Zimmerman per aiutarla nella ricerca e studio delle strane e talvolta terrificanti creature che vivono in segreto sul nostro pianeta.
Episodio 2
Un rifugio per tutti (seconda parte)
Will cerca di aiutare Alexi ad accettare la sua 'anormalità', mentre Helen riceve una visita da una persona del suo passato.
Episodio 3
Fata Morgana
Helen Magnus, sua figlia Ashley e il nuovo membro del Santuario, il Dottor Zimmerman, viaggiano per raggiungere il Nord della Scozia per studiare tre donne ritrovate in un'antica cripta e per offrirgli rifugio al Santuario.
Episodio 4
L'uomo flessibile
Il Santuario sta indagando su una serie di strani furti collegati a un gruppo di ladri che posseggono delle abilità straordinarie che gli consentono di agire indisturbati e sfuggire al braccio della legge.
Episodio 5
Kush
Di ritorno da un viaggio sull'Himalaya per catturare un anormale, la Dottoressa Magnus e Will rimangono bloccati su una montagna dopo che il loro aereo si schianta al suolo. Purtroppo sopravvivere fino all'arrivo dei soccorsi sembra essere un obiettivo più difficile del previsto poiché i passeggeri del volo cominciano a morire uno a uno uccisi da un misterioso aggressore.
Episodio 6
I nubbini
Due anormali apparentemente inoffensivi arrivano al Santuario. I due mostrano un'attrazione reciproca che va ben oltre le normali manifestazioni di corteggiamento, sconfinando nel pathos degli istinti animaleschi.
Episodio 7
I cinque
Magnus incontra una vecchia conoscenza a Roma che la mette al corrente sui piani di Cabal che sta meditando una vendetta per rifarsi degli avvenimenti passati. Tuttavia Helen si accorge che la lealtà del suo amico non è più quella di una volta, quando entrambi facevano parte di un gruppo chiamato 'I Cinque'.
Episodio 8
Edward
Il detective Kavanagh chiede aiuta a Will per indagare su un caso di suicidio che mostra delle incongruenze. Le indagini portano a un ragazzo autistico di nome Edward che possiede il dono di poter disegnare immagini dalla sua memoria ad una velocità incredibile, talmente ricche di dettagli da sembrare delle fotografie.
Episodio 9
Requiem
Helen e Will partono per il Triangolo delle Bermuda in seguito a una chiamata di soccorso ricevuta da un anormale che vive sul posto. Purtroppo una volta arrivati si rendono conto che è ormai troppo tardi.
Episodio 10
I guerrieri
Un vecchio amico di Danny, Will, scompare e sua moglie si mette in contatto con Will per chiedergli aiuto. Insieme ad Helen ed Ashley, Will si mette alla ricerca di Danny, arrivando fino a una fabbrica abbandonata. Non c'è segno di vita, ma le tracce di sangue e di epinefrina indicano che qualcosa è sicuramente accaduto. Continuando le indagini, il gruppo scopre che il posto veniva usato per addestrare dei combattenti.
Episodio 11
Mai fidarsi
La cronista Amy Saunders e il cameraman Zach Spencer sono alla ricerca di uno scoop e s'intrufolano in un edificio abbandonato dove tre persone sono state brutalmente uccise da una strana creatura. I due sprovveduti si ritrovano ad affrontare una bestia poderosa senza avere alcun idea di come sopravvivere, intanto la polizia cerca di gestire la situazione.
Episodio 12
La rivelazione (prima parte)
Magnus e la sua squadra devono affrontare la possibilità di una guerra biologica volta alla distruzione degli anormali, che vengono infettati da un virus che li rende pericolosi per gli umani. John Druitt torna di nuovo al Santuario e sostiene il team che dietro a tutto questo c'è Cabal. Sir James Watson, il leader del Regno Unito, si mette in contatto con Helen e conferma la storia di John.
Episodio 13
La rivelazione (seconda parte)
Ashley ed Henry vengono catturati da Cabal dopo che i due hanno cercato di infiltrarsi nella sua fabbrica di armi. Ashley scopre da Dana Withcomb che il piano per rilasciare il virus su tutto il pianeta è in procinto di essere attivato. Cabal intanto usa delle droghe per esaltare lo stato anormale di Henry in modo permanente.
