Episodio 1
Testimone dal passato
Bones viene coinvolta in un'indagine dell'F.B.I. per scoprire l'assassino di una ragazza massacrata quasi due anni prima. Grazie alla sua abilità nell'interpretare indizi sui resti umani, la dottoressa Brennan indirizza le indagini verso la giusta soluzione.
Episodio 2
L'attentato
Brennan e il suo team sono sulle tracce di un terrorista.
Episodio 3
Al di sopra di ogni sospetto
Il cadavere di un ragazzo viene trovato appeso a un albero come se il giovane si fosse impiccato. Booth e Brennan sono in disaccordo in quanto per l'agente dell'FBI si tratta di omicidio, mentre Brennan crede più probabile un suicidio. Le indagini portano alla luce una grottesca verità...
Episodio 4
La mano
Booth e la dottoressa Brennan vengono inviati in una piccola cittadina di montagna per indagare su alcuni resti umani nello stomaco di un orso. Con grande sorpresa, si accorgeranno di essere alle prese con un caso di cannibalismo...
Episodio 5
Il bambino nel prato
Viene ritrovato il corpo defunto di un bambino stuprato. Grazie al temperamento di Bones, che si ritrova ad avere un dialogo quasi materno con il fratello minore della vittima, si viene a conoscenza del nome dell'autore dell'omicidio.
Episodio 6
La mummia
Bones ed Angela si ritrovano coinvolte in una quasi rissa in una discoteca, che porterà la scoperta di una mummia nascosta dietro al muro della console. Si indaga sul mondo del rap e dell'hip pop.
Episodio 7
Condannato a morte
Un avvocato tenta di salvare la vita ad un condannato a morte, secondo lei accusato senza la visione di tutte le prove. Viene coinvolto Booth che aveva arrestato l'uomo ai tempi dell'omicidio. Bones è convinto che l'uomo sia colpevole, ma realizzaerà che il caso ha ancora molti aspetti non risolti.
Episodio 8
Il gioco dell'ex
Un ex-professore (ed ex-amante) di Brennan - il dottor Micheal Stires, sorprende Brennan con una visita mentre è in città per un colloquio. Mentre si stanno accordando per una cena insieme, Booth porta il
Episodio 9
Il più bel regalo di Natale
La vigilia di Natale, Temperance deve identificare un cadavere ritrovato in un rifugio sotterraneo, la cui morte risale a una cinquantina di anni prima.
Episodio 10
La donna dell'aeroporto
Bones e Booth indagano sul caso di una prostituta è stata fatta a pezzi vicino all'aeroporto. Il caso diviene più difficile del previsto, poiché la donna ha subito diverse operazioni radicali di chirurgia plastica che hanno compromesso la possibilità di risalire al suo aspetto naturale.
Episodio 11
Rapimento e riscatto
Il corpo incenerito di una donna viene trovato all'interno di un'auto e ci sono indizi che fanno pensare che suo figlio sia stato rapito.
Episodio 12
Morte di un supereroe
Viene ritrovato il cadavere semi decomposto di un presunto giovane. Booth e Bones scoprono la sua identità: si tratta di un ragazzo solitario frequentante un clan dedito al fanatismo per i giochi di ruolo e le storie a fumetti. Zack, effettuando la pulizia delle ossa del cadavere, rileva la presenza di un altro osso non appartenente alla vittima: è caccia al suo assassino.
Episodio 13
Doppio delitto
Il membro di una banda viene fermato con il cadavere di una giovane nascosto nel suo portabagagli.
Episodio 14
Scomparsi
Brennan e Zack indagano sul luogo in cui si è schiantato un piccolo jet, che aveva a bordo dei diplomatici cinesi.
Episodio 15
Due corpi sotto esame
Mentre indagano su un corpo che potrebbe essere di un capo-mafia, Booth e Brennan lavorano anche su dei crimini seriali.
Episodio 16
Sotto la città
Brennan e Booth indagano su uno strano omicidio nel sottosuolo cittadino.
Episodio 17
Il teschio nel deserto
Mentre Angela è in vacanza nel deserto, chiede a Brennan di raggiungerla in seguito al ritrovamento di un teschio.
Episodio 18
La maledizione dei pirati
Viene ritrovato un cadavere che stringe nel pugno un osso vecchio di 300 anni. Le indagini di Booth e Brennan conducono a un sito dove potrebbe essere nascosto un tesoro dei pirati.
Episodio 19
Dopo Katrina
Brennan va a New Orleans per aiutare a identificare i corpi dissotterrati dal passaggio dell'uragano Katrina.
Episodio 20
Senza speranza
La figlia del vice direttore dell'Fbi è malata di un cancro ai polmoni molto raro. Bones, chiede di vedere le lastre di un'operazione subita qualche tempo prima, a causa di una caduta con lo snowboard. Vengono effettuate delle analisi e la risposta è sconcertante: alla ragazzina è stato trapiantato l'osso di una persona malata di cancro, che l'ha quindi condannata.
Episodio 21
Il reduce sulla tomba
L'apparente suicidio di un manifestante all'Arlington National Cemetery si rivela invece un omicidio e la vittima è un soldato che aveva prestato servizio in Iraq.
Episodio 22
Un volto per l'assassino
Booth apre un'inchiesta ufficiale sulla morte dei genitori di Bones.
