Episodio 1
La ragazza sulla Torre Eiffel
Jean, un ragazzo di 14 anni aspirante inventore, casualmente incontra a Parigi Nadia, un'acrobata di un circo e l'aiuta a sfuggire a Grandis, Hanson e Sanson, tre loschi individui che vogliono impossessarsi della pietra azzurra che lei porta al collo.
Episodio 2
I piccoli fuggiaschi
Jean, Nadia e King il suo leoncino, si rifugiano temporaneamente a casa del ragazzo a Le Havre, ma devono continuare la loro fuga dai tre malintenzionati con un aereo costruito dal ragazzo. Sono costretti ad un ammaraggio di emergenza in mezzo all'oceano da un guasto al motore.
Episodio 3
Il mostro marino
Jean, Nadia e King vengono raccolti da una nave da guerra americana. Tra l'equipaggio conoscono Ayrton, che svela a Jean la missione della nave: catturare il mostro marino che attacca le navi di passaggio. Ma l'enorme mostro marino attacca la nave e la danneggia gravemente, facendo ricadere in mare i tre amici.
Episodio 4
Il Nautilus
Jean, Nadia e King sono salvati dal Nautilus, un misterioso sottomarino comandato dal capitano Nemo, che sta dando la caccia ad un altro sommergibile, responsabile degli attacchi distruttivi alle navi. Dopo tre giorni, l'aereo di Jean viene riparato e convertito in idrovolante, così i tre amici possono riprendere il loro volo.
Episodio 5
L'isola di Marie
I tre amici sorvolano un'isola ma sono abbattuti da nemici sconosciuti. Nella foresta trovano una donna ed un uomo uccisi con colpi alla schiena. Solo una bambina, che la madre è riuscita a proteggere col suo corpo, è ancora viva. Da quel momento Nadia e Jean si prenderanno cura della piccola Marie.
Episodio 6
La fortezza sull'isola perduta
Marie e King vengono catturati dai soldati della misteriosa organizzazione "Neo Atlantide". Jean e Nadia si infiltrano nella base segreta per liberarli, ma vengono scoperti e circondati dai nemici. Nadia affida la Pietra a Jean e si consegna al nemico per salvare il ragazzo.
Episodio 7
La torre di Babele
Gargoyle, il capo dei Neo Atlantidi, vuole la Pietra Azzurra di Nadia. Sottopone la ragazza ad uno spietato interrogatorio e Nadia è costretta a confessare che la Pietra è in possesso di Jean. Gargoyle collauda la "Torre di Babele" un'arma con un'enorme potenza distruttiva che fa esplodere un'intera isola. Jean e il trio Grandis, Hanson e Sanson, anch'essi sull'isola, decidono di collaborare per fermare Gargoyle.
Episodio 8
Il salvataggio di Nadia
Il Nautilus, Jean, Grandis, Hanson e Sanson, dopo una terribile battaglia riescono a liberare i prigionieri e a distruggere la base segreta.
Episodio 9
Il segreto di Nemo
Jean e gli altri vengono presi a bordo del Nautilus. Nemo incontra per la prima volta Nadia e si rende conto della sua vera identità. Anche lui, in uno scrigno nascosto nella sua cabina, custodisce una Pietra Azzurra.
Episodio 10
Gratan in azione
Gargoyle è fuggito in dirigibile e tende una trappola al Nautilus, che finisce bloccato in un campo di mine marine. Il Nautilus viene salvato dall'eroico intervento di Jean, Grandis, Sanson e Hanson ed il loro minisommergibile Gratan.
Episodio 11
Nuove reclute sul Nautilus
Il Nautilus continua la sua caccia ai Neo Atlantidi e Jean, Nadia, Grandis, Hanson e Sanson vengono accolti come nuovi membri dell'equipaggio
Episodio 12
Il primo amore di Grandis
Jean e gli altri vanno a caccia su un'isola per procurarsi cibo fresco e uccidono un cerbiatto. Nadia, vegetariana convinta, è furiosa e sconvolta dell'accaduto.
Episodio 13
Corri, Marie!
Il Garfish, il sommergibile di Gargoyle, approda sull'isola e l'equipaggio del Nautilus viene scoperto dai soldati di Neo Alantide. Un soldato punta un'arma contro Nadia e Nemo lo uccide a sangue freddo, suscitando ancora una volta in Nadia un grande sdegno.
Episodio 14
La valle del Dinichthys
Marie e Nadia si ammalano di una grave febbre tropicale e sono ormai in fin di vita. Il capitano Nemo organizza una spedizione sul fondo del mare per recuperare le piante medicinali che salveranno le due bambine.
Episodio 15
La più grande crisi del Nautilus
Nel corso di un attacco da parte della nave americana Abraham, istigato da Gargoyle, il Nautilus viene gravemente danneggiato. Durante le riparazioni, del gas letale invade la sala motori e uccide i tre marinai che vi lavoravano.
Episodio 16
Il segreto del continente scomparso
L'equipaggio del Nautilus sbarca su Atlantide per seppellire i tre compagni morti. Là Jean scopre che suo padre, che era comandante di una nave di cui era membro Echo, è stato ucciso da un attacco del Garfish.
Episodio 17
La nuova invenzione di Jean
Jean vuole costruire una macchina volante, ma si rende conto di non poter fare tutto da solo e di aver bisogno di Hanson, con l'aiuto del quale costruisce un elicottero e porta Nadia a fare un volo.
Episodio 18
Nautilus contro Nautilus
Mentre si reca alla sua base segreta situata in una caverna sotto l'Antartide per rifornirsi di pezzi di ricambio, il Nautilus deve affrontare l'attacco di un enorme mollusco marino.
Episodio 19
L'amico di Nemo
Il Capitano Nemo fa conoscere a Jean e Nadia la balena llion. Nadia riesce a comprendere le parole del cetaceo, che le dice che suo padre è molto vicino a lei e che presto incontrerà suo fratello.
Episodio 20
Il fallimento di Jean
Electra racconta a Nadia che tredici anni prima la sua città fu distrutta da un uomo: perirono nel disastro quasi tutti gli abitanti, tra cui i suoi genitori e il fratello. Venne quindi costruito il Nautilus per vendicarsi di Gargoyle.
Episodio 21
Addio, Nautilus
La nave aerea dei Neo Atlantidi sferrano un attacco di inaudita potenza contro il Nautilus e lo semidistruggono, nonostante l'estremo ed eroico tentativo di contrattaccare del Gratan, guidato da Grandis, Sanson e Hanson. Il sottomarino affonda nell'oceano.
Episodio 22
Il tradimento di Electra
Nemo rinchiude Nadia, Jean, King e Marie nella sua cabina, che è una capsula di salvataggio. Nadia ascolta di nascosto i discorsi di Electra nell'interfono e scopre che è stato Nemo, che è suo padre, a distruggere la sua terra natale come estremo tentativo di fermare Gargoyle. Ma la cabina con i ragazzi viene espulsa dal sottomarino e il Nautilus si inabissa.
Episodio 23
I piccoli naufraghi
Jean, Nadia, Marie e King naufragano su un'isola deserta. Nadia è felice di trovarsi in un ambiente naturale e vorrebbe trascorrere là il resto della sua vita.
Episodio 24
L'isola di Lincoln
Nadia ha un pessimo carattere e decide di andarsene dalla compagnia e di vivere da sola nella giungla, ma poi per la fame si introduce nel campo di nascosto per procurarsi il cibo.
Episodio 25
Il primo bacio
Nadia ha mangiato cibo avariato e sta molto male. Jean va nella foresta per procurarsi le erbe medicinali per curarla. In una caverna trova anche funghi allucinogeni, li mangia e sviene. Nadia si rende conto di quanto Jean abbia fatto per lei e la sera lo bacia colma di gratitudine.
Episodio 26
King tutto solo
Il carattere di Nadia si è molto addolcito, ma in occasione di un altro bacio si rende conto che Jean non ricorda nulla del primo (era semincosciente per i funghi allucinogeni) e si infuria. King è geloso del rapporto tra i due ragazzi e scappa dal campo: sarà Jean a ritrovarlo.
Episodio 27
L'isola della strega
Un tifone distrugge il campo, inoltre stranamente spinge verso terra un'altra isola, che i ragazzi vanno ad esplorare. Subito si imbattono in Ayrton, che avevano conosciuto sulla nave da guerra americana, e nel trio Grandis, Sanson e Hanson.
Episodio 28
L'isola alla deriva
Il gruppo comincia una convivenza forzata e sempre più problematica sulla strana isola galleggiante.
Episodio 29
King contro King
Per stemperare la tensione tra Sanson e Hanson, viene organizzata una gara tra due robottini dalle sembianze di King, ma essendo identici (sono stati entrambi progettati da Hanson) nessuno dei due vince.
Episodio 30
Il labirinto sotterraneo
Per caso Nadia e Jean scoprono un'enorme base sotterranea. Durante l'esplorazione, Nadia svanisce improvvisamente, lasciando Jean da solo.
Episodio 31
Addio, Red Noah
Nadia ascolta da un enorme computer la storia delle origini della sua gente. L'isola, che in realtà è un'enorme astronave, si prepara ad immergersi e a portare Nadia, la Principessa di Atlantide, con sé. Grandis e gli altri fuggono dall'isola con il Gratan, ma Jean ritorna nei sotterranei e salva Nadia. Il gruppo di amici fa rotta verso l'Africa, verso la città che ha dato i natali a Nadia.
Episodio 32
Il primo amore di Nadia...? a.k.a. Avventura in Africa
Jean e gli altri arrivano in volo in un villaggio africano, dove Nadia si innamora a prima vista di un ragazzo del posto. King viene rapito da un avventuriero che per la sua liberazione vuole il tesoro del villaggio.
Episodio 33
Il salvataggio di King a.k.a. Operazione di salvataggio
King viene liberato e l'amore di Nadia non è contraccambiato. Per lei è un duro colpo. Gli abitanti del villaggio indicano al gruppo di amici la città di Nadia.
Episodio 34
La mia adorata Nadia
Jean, per riconquistare l'amore di Nadia, costruisce un'incredibile macchina musicale per suonarle senza successo una sorta di serenata.
Episodio 35
Il segreto della Pietra Azzurra a.k.a. Buon compleanno, Nadia
Nadia finalmente è giunta nella sua terra natale e ricorda tutto il passato della sua gente, proveniente da un pianeta lontano e rifugiatasi in Africa dove l'astronave era precipitata. Nadia non è umana, ma un'extraterrestre, ed ora purtroppo è anche la principessa di Neo Atlantide. Si rende conto che nelle sue mani c'è il distruttivo potere della Pietra Azzurra, ne ha paura e tenta il suicidio gettandosi dall'alta torre della città, ma la sua caduta è frenata dalla Pietra Azzurra.
Episodio 36
Il nuovo Nautilus a.k.a. Il ritorno del capitano Nemo
Arriva Gargoyle sulla sua nave volante e costringe Nadia a consegnarsi a lui. Ma Nemo con una nuova nave, il Nuovo Nautilus, giunge in aiuto e sferra un attacco alla nave di Gargoyle.
Episodio 37
L'imperatore Neo
Il capitano Nemo ed Electra raccontano a Jean che la razza umana è stata creata dagli Atlantidi a partire dalle scimmie con la manipolazione genetica. Intanto Nadia scopre direttamente che l'imperatore Neo è suo fratello.
Episodio 38
Verso lo spazio a.k.a. La battaglia
Gargoyle impone all'umanità un ultimatum. Se l'Inghilterra e via via tutte le altre nazioni non si arrenderanno, sferrerà un attacco distruttivo sulle principali città del pianeta. Il nuovo Nautilus combatte contro la nave volante degli Atlantidi e Nemo e Jean riescono ad introdursi nella nave nemica.
Episodio 39
Eredita le stelle a.k.a. Le pietre azzurre
Jean viene ucciso da Gargoyle, ma Nadia utilizza il potere della sua Pietra Azzurra e di quella del padre per riportare in vita il ragazzo che ama. Gargoyle rimane ucciso dalla luce della pietra: solo un Atlantideo può resistere a tale luce, ma lui è umano anche se non ne era al corrente. La nave di Gargoyle sta precipitando e Nemo si sacrifica per permettere all'equipaggio del Nautilus di salvarsi. Nadia è ora una terrestre come Jean e assieme a lui può iniziare una nuova vita.
