Episodio 1
EPISODIO 01: PROLOGUE + SUPER SPARTAN i
Durante un blitz scattato nel corso di un incontro con un delegato straniero che secondo Daisuke Aramaki della Sicurezza Pubblica potrebbe vedere coinvolte attività criminali e di corruzione, Aramaki conosce un misterioso cyborg, Motoko Kusanagi, che gli propone di formare una nuova unità speciale per il Ministero degli Interni. Aramaki chiede dunque a Kusanagi di avviare un'indagine.
Episodio 2
EPISODIO 02: SUPER SPARTAN ii + JUNK JUNGLE i
Kusanagi e la sua squadra iniziano a lavorare come Squadra mobile corazzata dopo essere stati scelti da Aramaki. A un certo punto, il cyber-brain dell'interprete del Ministro degli Esteri viene infettato da un virus. Aramaki sente che il colonnello Males, che vive in esilio nel Paese, sta cercando di interferire in un incontro segreto. Ordina così a Kusanagi di trovare il colpevole.
Episodio 3
EPISODIO 03: JUNK JUNGLE ii + MEGATECH MACHINE i + ii
Kusanagi e Togusa prendono in custodia il sospettato dopo uno sfrenato inseguimento nei loro Fuchikoma. Intanto, Aramaki e Bato sorvegliano il colonnello Males che riceve una visita che potrebbe essere del Marionettista, l'hacker che ha diffuso il virus su suo ordine.
Episodio 4
EPISODIO 04: ROBOT RONDO
Alcuni robot promozionali attaccano gli esseri umani. La squadra di Kusanagi raduna i robot dello stesso modello e scopre che hanno qualcosa in comune. Bato e Togusa sono diretti alla Hanka dove vengono costruiti per scoprire chi è la mente dietro a queste aggressioni.
Episodio 5
EPISODIO 05: PHANTOM FUND
Kusanagi e la sua squadra raggiungono l'Estremo Nord per sorvegliare un cyborg da combattimento di nome Koil Klasnov. Per scoprire cosa vuole Koil e cosa c'è dietro l'espansione della fabbrica sotterranea della Sagawa, Kusanagi si infiltra nei suoi uffici mentre Bato e gli altri si infiltrano nella fabbrica stessa.
Episodio 6
EPISODIO 06: DUMB BARTER
Kusanagi e il suo compagno vengono portati di corsa in ospedale dopo un'aggressione improvvisa. Sospettano che si tratti di Toru Soma, un terrorista con cui Kusanagi ha dei trascorsi. Kusanagi e Togusa lasciano l'ospedale e dopo un inseguimento si ritrovano a combattere contro un gruppo armato in una fabbrica abbandonata.
Episodio 7
EPISODIO 07: BYE BYE CLAY
Un robot fuggito dalla Megatech viene preso in custodia dalla Sezione 9 che scopre che al suo interno si nasconde il Marionettista. Il Marionettista annuncia alla squadra di Aramaki di essere "una forma di vita nata spontaneamente nel mare dell'informatica". Poco dopo aver chiesto asilo politico, viene rubato.
Episodio 8
EPISODIO 08: INTERMISSION + BRAIN DRAIN i
Kusanagi riprende conoscenza dopo essersi infiltrata nel Marionettista. Anche se ormai è chiaro ciò che è successo, di tanto in tanto Kusanagi ne percepisce la presenza. La squadra fa una retata su una barca usata da una cellula terroristica e Kusanagi ne uccide per sbaglio il leader.
Episodio 9
EPISODIO 09: BRAIN DRAIN ii
Qualcuno fa trapelare le immagini dell'incidente della retata ai media e Kusanagi viene accusata di aver ucciso il terrorista a sangue freddo. Kusanagi sospetta che i servizi segreti di Ghorantl tirino le fila e così indaga da sola, ma viene processata.
Episodio 10
EPISODIO 10: BRAIN DRAIN ⅲ + GHOST COAST + EPILOGO
Kusanagi perde il suo corpo artificiale dopo che le sparano e fugge con Bato solo con il suo cervello. Vanno nel rifugio di Bato per trovarle un nuovo corpo, ma il Marionettista, che si presumeva distrutto, trova il modo di accedere a Kusanagi.
