Episodio 1
Attacco invisibile
Un agente speciale dell'FBI viene assegnato alla Stazione CIA di New York, dando vita a una cellula interforze, per un'emergenza internazionale: il furto del software di un'arma a energia diretta dagli uffici della Critical Devices, un appaltatore della Difesa. Le indagini rivelano che il ladro è un ex sviluppatore di armi venezuelano, una risorsa che la CIA aveva strappato cinque anni prima a un Cartello sudamericano per cui riconvertiva tecnologie militari per scopi di guerriglia.
Episodio 2
Doppio gioco
Colin e Bill iniziano a conoscersi meglio in una nuova missione interforze all'inseguimento di un'agente dei servizi segreti militari libanesi. Quando i due la catturano, l'agente dichiara di voler disertare, ma in realtà ha un altro piano: ritrovare il figlio a cui ha rinunciato vent'anni prima. Per farlo, droga Colin e Bill mentre la tengono prigioniera nella casa dell'ex-marito di Nikki e raggiunge l'università dove il figlio è dottorando.
Episodio 3
Il ponte di bugie
Un operativo della CIA sotto copertura profonda viene catturato a Hong Kong. Nikki non esita a partire per corrompere un giudice, sua vecchia conoscenza, e ottenerne la scarcerazione. Ma in questa operazione di salvataggio a rimetterci è lei stessa, incarcerata a sua volta dai Servizi Segreti cinesi. È l'occasione che permette a Bill di abbattere il muro di diffidenza di Colin e del resto della squadra.
Episodio 4
Il seme dell'odio
Un gruppo di terroristi neonazisti accelerazionisti finanzia i propri attentati attraverso una rete illegale di maternità surrogata. I loro piani deragliano quando una delle gestanti, una giovane donna dell'est, decide di tenere il bambino, spingendo l'organizzazione a rapirlo subito dopo il parto. Per la cellula interforze FBI/CIA la missione è duplice: non si tratta solo di sventare degli imminenti attacchi razzisti, ma di ritrovare il neonato prima che sia troppo tardi.
Episodio 5
Cellula dormiente
Colin e Bill indagano su una serie di attentati a imprenditori che lavorano con contratti governativi per il Dipartimento della Difesa. La squadra identifica i due terroristi, operativi iraniani dormienti e, con l'involontario aiuto dell'impiegata di un ufficio diplomatico iraniano che Colin seduce, si mettono sulle loro tracce, riuscendo a metterli all'angolo in un ristorante.
Episodio 6
Sentirsi a casa
Durante un blitz in un covo di terroristi, la cellula interforze ritrova Patrick Graham, un ragazzo americano rapito nove anni prima e ormai radicalizzatosi con il gruppo jihadista che l'aveva preso in ostaggio. Patrick è l'unica chiave d'accesso per localizzare l'esplosivo destinato a un imminente attentato a New York, ma per farlo parlare, Nikki deve scardinare le sue nuove convinzioni, frutto del lavaggio del cervello subito dal ragazzo durante gli anni di prigionia.
Episodio 7
Elimination game
L'FBI riceve un'allerta per un possibile attentato a una partita internazionale di calcio femminile USA - Corea del Nord. L'allarme bomba effettivamente scatta mentre lo stadio si svuota dopo la partita. Colin scopre che la bomba è finta ed è servita solo per creare un diversivo per la fuga di due giocatrici coreane che fanno perdere le proprie tracce, così come l'attentatore.
Episodio 8
Bomba dallo spazio
In Canada precipita un satellite nucleare. L'unico pezzo che non è andato distrutto è la batteria con il suo nucleo radioattivo che, se finisse nelle mani sbagliate, potrebbe trasformarsi in una devastante bomba sporca. A recuperarla sarà un trafficante d'armi, dopo aver assassinato una cacciatrice che aveva assistito allo schianto e lo aveva condotto sul luogo del rinvenimento per cercare di guadagnarci qualcosa.
Episodio 9
Petrolio mortale
Dopo un attacco terroristico siriano a una nave americana, Zara Demir, una consulente finanziaria che lavora per una raffineria turca della famiglia Levni, contatta Colin per ottenere asilo in cambio di informazioni sull'attacco. Ha scoperto che i Levni comprano petrolio dai terroristi e fanno affari con Abdul Akkad, il responsabile dell'attacco alla nave.
Episodio 10
Terre rare
Le indagini sulla morte per incidente stradale del ministro degli esteri honduregno portano la squadra a sospettare che si tratti di un assassinio su commissione. Il sospetto viene confermato dalla scoperta che il telefono del ministro veniva tracciato con una tecnologia disponibile solo all'NSA. Nel frattempo, un altro diplomatico viene ucciso in un albergo e la caccia alla talpa dell'NSA si intensifica.
Episodio 11
Un colpo al cuore
Bill e Colin stringono un patto di cooperazione per trovare la talpa all'insaputa di chiunque altro in ufficio. Incrociando i dati raccolti, il campo si restringe a soli tre nomi e per far uscire la talpa allo scoperto, decidono di tendere una trappola a tutti e tre i sospettati. La vera talpa capisce l'inganno e cerca di giocare d'anticipo prendendo un ostaggio per assicurarsi la fuga, ma durante la colluttazione che ne segue, rimane gravemente ferita.
Episodio 12
Un fantasma dal passato
Dopo aver scoperto che Toni è viva e opera per il nemico, Colin è determinato ad avere delle risposte da lei su tutti gli anni passati a crederla morta.
