Episodio 1
I figli del cardinale
Per diventare papa, il cardinale Rodrigo Borgia si destreggia abilmente tra regni in lotta e famiglie influenti. Raccoglie attorno a sé i figli illegittimi: Juan, Cesare e Lucrezia. Come Juan, anche Cesare vuole intraprendere la carriera militare, ma Rodrigo lo ha destinato a un incarico ecclesiastico. Cerca per Lucrezia un marito di famiglia influente.
Episodio 2
La profezia
Durante la festa di fidanzamento di Lucrezia, Juan e Cesare Borgia scoprono un complotto contro l'anziano papa Innocenzo e riconoscono come mente il figlio illegittimo Franceschetto.
Episodio 3
Il conclave
Rodrigo manda Juan in Spagna e Cesare a Pisa a studiare. Lucrezia, gravemente malata di febbre, è assistita dalla madre Vannozza.
Episodio 4
L'elezione di Rodrigo
Quando Lucrezia ha superato la febbre, la sua decisione è presa: vuole farsi suora. Per assicurarsi la sua elezione, Rodrigo promette agli altri cardinali terre e uffici.
Episodio 5
Le nozze di Lucrezia
Dopo la sua elezione a Papa, Rodrigo torna con una scopa di ferro per ricoprire incarichi presso i suoi confidenti. Appena fidanzato, Juan torna a Roma, ma il re spagnolo si è rifiutato di dargli la benedizione per il suo matrimonio con Maria Enriques.
Episodio 6
Giochi di potere
Tornato a Roma, Cesare avverte il padre di un complotto. Rodrigo stringe un'alleanza con le città-stato italiane e assicura la pace con Napoli fidanzando suo figlio Goffredo con la principessa ereditaria Sancia.
Episodio 7
Il prefetto di Roma
Gli Orsini si rivelano essere le menti dell'aggressione a Giulia. Rodrigo prende le armi. Juan va contro il consiglio dei suoi ufficiali e fallisce miseramente.
Episodio 8
La minaccia francese
Rodrigo vuole avvelenare Giovanni Sforza, il marito impotente di Lucrezia, poichè lei si rifiuta di divorziare. Quando i Colonna conquistano Ostia e issano la bandiera francese, Rodrigo fa scomunicare il loro condottiero Marcantonio.
Episodio 9
L'invasione di Roma
Lucrezia è divorziata dall'impotente Giovanni Sforza. Quando Rodrigo concede il passaggio sicuro ai francesi, Cesare viene rilasciato. Media tra il Papa e Carlo VIII. Dopo la sua sconfitta, Juan torna segretamente a Roma.
Episodio 10
Miracoli
La forza francese è bloccata sulla strada per Napoli. Il principe ottomano Cem, che aveva iniziato il viaggio con Cesare, si ammala e muore nell'accampamento. Juan vuole vendicarsi di Lucrezia, ma lei lo prende in giro.
Episodio 11
La confessione
Lucrezia vuole farsi suora, ma il soldato Pedro, per conto di Rodrigo, la convince a non rinunciare alla vita mondana. Quando Juan confessa, Cesare si siede in confessionale e viene a conoscenza dei misfatti di Juan.
Episodio 12
Fratelli di sangue
Ubriaco, Cesare tende un'imboscata a Juan e scoppia una discussione. Quando il giorno dopo viene ritrovato il corpo di Juan, Cesare teme di aver ucciso suo fratello. Rodrigo sprofonda nel dolore e rompe con Giulia.
