Episodio 1
Una sorpresa piovuta dal cielo
Nagisa Misumi e Honoka Yukishiro, due studentesse ordinarie ricevono un'aspettata sorpresa che viene dal giardino della luce.
Episodio 2
Il giardino della luce
Mipple e Mepple aiutano Nagisa e Honoka a scoprire cosa c'è dietro il blackout che sta affligendo la città.
Episodio 3
Un nuovo insegnante
Un nemico delle tenebre venuto da Dotsuku si infiltra nella scuola di Nagisa e Honoka.
Episodio 4
Scontro al museo
Nagisa e Honoka prendono parte a una gita scolastica che le porta al museo, ma qui si scontreranno con il guerriero delle tenebre, Pisard.
Episodio 5
Il potere dell'amore
Nel suo ultimo tentativo Pisard affronta le Pretty Cure per sottrarre loro le pietre prismatiche.
Episodio 6
Il contenitore prismatico
Nagisa e Honoka vanno alla ricerca del contenitore prismatico, ma qui vengono attaccate da un nuovo guerriero delle tenebre.
Episodio 7
Cuori, mostri e lacrosse
Durante un torneo di lacrosse, i guerrieri di Dotsuku attaccano le Pretty Cure.
Episodio 8
Una vera amica
Honoka tenta di spingere Nagisa a farsi coraggio e a parlare con Fuji-P, ma questo porta le Pretty Cure a litigare per la prima volta.
Episodio 9
Mepple sta male
Nagisa trascura Mepple e quest'ultimo non si sente bene. Mentre si trovano a scuola il preside confisca Mepple e Nagisa deve recuperarlo prima che sia troppo tardi.
Episodio 10
Un compleanno movimentato
È il compleanno di Honoka e i suoi genitori tornano in Giappone per festeggiare insieme a lei. Intanto però Gekidrago attacca le Pretty Cure prendendo in ostaggio i genitori di Honoka.
Episodio 11
Terrore all'acquario. Salvate Ryota!
Nagisa porta suo fratello minore, Ryota, all'acquario, ma qui il guerriero di Dotsuku Gekidrago dà il tutto per tutto attaccando le Pretty Cure.
Episodio 12
Una nuova nemica, Poisonny
Un nuovo nemico capace di cambiare forma giunge da Dotsuku. Con questa sua capacità cerca di rapire Mipple e Mepple dalle Pretty Cure.
Episodio 13
Gara di scienze
Kiriya Irisawa, fratello minore di Poisonny, si infiltra nella scuola media delle Pretty Cure per controllare da vicino le loro mosse. Honoka con le sue compagne di club partecipa ad una gara di scienze.
Episodio 14
Le imitatrici delle Pretty Cure
Due compagne di scuola di Nagisa e Honoka si impersonificano come le Pretty Cure. Nagisa e Honoka tentano di dissuadere le compagne dal proseguire la loro imitazione per via del potenziale pericolo nel quale potrebbero incorrere.
Episodio 15
La leggenda del lago
Inconsapevolmente Nagisa e Honoka si ritrovano con le proprie famiglie nello stesso luogo da loro scelto per una vacanza. Qui le due ragazze decidono di visitare un isola vicina per scoprire il mistero che la circonda. Ben presto però si trovano a dover affrontare ancora una volta le forze delle tenebre.
Episodio 16
Incontro con Yuka
Yuka, la ragazza più popolare della scuola viene impossessata da Zakenna creando così più copie di sé stessa.
Episodio 17
La vita dei campi
Nagisa e Honoka insieme a Fuji-P e Kiriya si trovano ad aiutare una coppia di anziani a raccoglierle gli ortaggio dei loro campi. Intanto Kiriya inizia ad empatizzare con le creature del giardino dell'arcobaleno.
Episodio 18
Questioni di cuore
Durante gli esami di fine semestre, la guerriera delle tenebre Poisonny intrappola le Pretty Cure in un labirinto di specchio dal quale quest'ultime dovranno cercare di liberarsi per ritornare a riesumare i loro doveri scolastici.
Episodio 19
L'eroe prescelto e la principessa della speranza
Mepple e Mipple litigano e Nagisa e Honoka cercano un modo per farli riappacificare. Nel frattempo, visti i numerosi fallimenti degli altri, scende in campo il più potente tra i sottoposti di Dotsuku, Ilkubo.
Episodio 20
Il mistero delle due Honoka
Poisonny ritenta di rapire Mepple da Nagisa ma questa volta prende le sembianze di Honoka. Perciò Nagisa deve capire quelle delle due è la sua compagna di avventure.
Episodio 21
La scelta di Kiriya
Kiriya decide di confessare tutta la verità alle Pretty Cure, soprattutto dopo che ha iniziato ad avere dei sentimenti per Honoka. Una volta consegnata la sua pietra alle guerriere del giardino dell'arcobaleno, Kiriya si dirige ad Dostuku dove verrà punito per la sua insubordinazione.
Episodio 22
Moko il trovatello
Chuutaro trova un cucciolo abbandonato e Nagisa e Honoka cercano di rintracciare il suo legittimo proprietario. Intanto le forse oscure di Dostuku capiscono dove sono nascoste le pietre.
Episodio 23
Che incubo il campo estivo
Mentre Nagisa e Honoka e i loro compagni di scuola si trovano al campo estivo, strani eventi iniziano a verificarsi.
Episodio 24
Lo scontro finale con Ilkubo
Ilkubo riesce ad ottenere le ultime pietre prismatiche, ma il loro grande potere lo annienta.
Episodio 25
Il giardino della luce
Grazie a Pollun, le Pretty Cure vengono catapultate per la prima volta nel giardino della luce, dove le due guerriere incontrano la regina.
Episodio 26
La sconfitta di Re Jaaku
Dopo aver cercato di invocare il potere della creazione, le Pretty Cure si ritrovano catapultato nel mondo delle tenebre, dove affronteranno il re dell'oscurità.
Episodio 27
La scomparsa di Pollun
Dopo essere riuscite a sconfiggere il Signore delle Tenebre, Nagisa e Honoka pensano che la loro missione sia terminata. Ma si sbagliano. Mepple e Mipple tornano insieme a Pollun nel giardino dell'arcobaleno per aiutare le Pretty Cure a sconfiggere le nuove forze delle tenebre che sono nate dai semi che il re Jaaku ha lanciato sulla terra.
Episodio 28
Il valore della speranza
Durante una giornata afosa d'estate, Nagisa e Honoka devono completare i suoi compiti estivi. Intanto riflettono sugli ultimi avvenimenti passati e iniziano a sentirsi avvilite, così la nonna di Honoka racconta di un episodio del suo passato che l'ha aiutata a rafforzare la sua fiamma della speranza.
Episodio 29
La festa d'estate
Nagisa e Honoka cercano degli abiti per la festa d'estate che si terrà in città. Durante i festeggiamenti le due ragazze e il loro gruppo di amici decidono di sfidarsi per vedere chi è coraggioso abbastanza per raggiungere un tempietto al quale è legato lo spirito di una donna. Fuji-P prende una storta e viene accompagnato in ospedale dove però uno dei cattivi di Dotsuku si sta spacciano per il direttore dell'ospedale con l'intento di avvicinarsi alle Pretty Cure.
Episodio 30
Il segreto di Pollun
Nagisa porta con sé Pollun a scuola, il quale però mette nei guai Nagisa e Honoka. Intanto i guerrieri delle tenebre decidono di sferrare un attacco alle Pretty Cure a scuola. Intanto il guardiano delle pietre decide di trasferire il potere della creazione dalle pietre a Pollun.
Episodio 31
Il nuovo potere delle Pretty Cure
I guerrieri delle tenebre riescono a rapire il guardiano delle pietre e il raccoglitore prismatico. Ben presto però capiscono che il potere delle pietre è stato trasferito altrove. Intanto Pollun sentendo nostalgia di casa decide di scappare.
Episodio 32
Pollun va alla fiera
In un tentativo di rallegrare Pollun, Nagisa e Honoka decidono di portarlo in un parco dei divertimenti.
Episodio 33
Una partita importante
Nonostante i suoi enormi sforzi, Shiho non riesce a lasciare i sensi di colpa alle spalle e andare avanti, avendo paura di ricomettere gli errori fatti durante l'ultima partita.
Episodio 34
Una eccitante staffetta
Le ragazze della Verone Accademy si stanno preparando per sfidarsi in una staffetta. Le forze di Dotsuku tengono però impegnate le Pretty Cure.
Episodio 35
Gita a raccogliere le castagne
Kazuki Azekura, studente della terza media e giocatore di basket, ha una città per Nagisa e le chiede se vuole venire con lui a raccogliere delle castagne. Nagisa non sa come rifiutare e accetta.
Episodio 36
La breve fuga del Guardiano delle pietre
Grazie ai due impacciati servitori Zakenna, il guardiano delle pietre riesce per poco tempo a uscire dalla gabbia in cui i signori delle tenebre lo hanno imprigionato.
Episodio 37
Romeo e Giulietta
Nagisa e Honoka vengono scelte dalle loro compagne per interpretare i ruoli di Romeo e Giulietta. Durante lo spettacolo però vengono attaccate dalle forze delle tenebre.
Episodio 38
L'incarico di Ryota
Nagisa e Honoka sono felici di poter avere un giorno di libertà e di spensieratezza, Ma questo viene interrotto dal padre di Nagisa. Quest'ultimo infatti chiede alla figlia di portargli dei documenti in ufficio. Ryota si offre però al posto di Nagisa. Nagisa e Honoka lo seguono per assicurarsi che arrivi alla giusta destinazione.
Episodio 39
Il matrimonio della signorina Yoshimi
La signorina Yoshimi annuncia la tua classe che sta per sposarsi. A tale proposito le sue alunne decidono di farle un regalo.
Episodio 40
Un invito a casa di Honoka
Honoka invita Nagisa a casa sua per un pigiama party. Mentre queste dormono, Belzei si intrufola nei loro sogni dove le Pretty Cure dovranno combatterlo.
Episodio 41
Le finali di lacrosse
Ci sono le finali di lacrosse e la Verone Accademy dovrà affrontare la scuola media di Mitaka. Prima dell'inizio della partita, però, le Pretty Cure si trovano ad dover affrontare ancora una volta le forze delle tenebre.
Episodio 42
Il rapimento di Honoka
Le forze di Dotsuku trovano un modo per separare le due guerriere della luce. Tocca a Nagisa trovare la sua compagna prima che sia troppo tardi.
Episodio 43
Un regalo per Fuji-P
Yui, compagna di classe di Nagisa, ha una cotta per Fuji-P e vuole fargli un regalo. Allo stesso tempo però anche a Nagisa piace Fuji-P e si trova combattuta fra aiutare o meno la sua amica.
Episodio 44
Un Natale indimenticabile
Le feste natalizie sono dietro l'angolo e la Verone Accademy decide di organizzare un ballo di fine anno. Nagisa riesce a passare del tempo con Fuji-P.
Episodio 45
Gara di canto
Le ragazze della Verone Accademy si trovano a dover competere in una gara canora contro un'altra scuola.
Episodio 46
Verso la battaglia finale
Le forze delle tenebre capiscono che il grande potere delle guerriere dell'arcobaleno viene da Pollun. Quindi escogitano un piano per catturarlo.
Episodio 47
Il potere delle sette Pietre nelle mani sbagliate
I Semi dell'Oscurità hanno catturato Pollun e le Pretty Cure gli inseguono nel regno delle tenebre con la speranza di poterli fermare.
Episodio 48
Lo scontro più duro
I guerrieri di Dotsuku assetati di potere cercano di assimilare il potere della creazione. Ma Re Jaaku infelice della loro insubordinazione decide di eliminarli.
Episodio 49
L'ultimo giorno delle Pretty Cure
Lo scontro finale è giunto! Le Pretty Cure utilizzano tutte le loro forze per sconfiggere il Signore delle Tenebre.
