Episodio 1
Il risveglio dei serpenti
La tregua è finita per i ninja: il figlio di Lord Garmadon vuole ripartire da dove suo padre si è fermato. Informati che Lloyd ha occupato il villaggio dove si trova Nya, i ninja corrono in suo aiuto e trovano l'intera popolazione ipnotizzata dai serpenti.
Episodio 2
A casa
I ninja sospendono l'allenamento per tirare fuori dai guai Zane, ma quando tornano al dojo, scoprono che è stato bruciato dai serpenti. I ninja rimangono senza casa dopo una potente mossa di Skales. L'amico falco li conduce alla nave naufragata, il Destiny's Bounty.
Episodio 3
Morsi dal serpente
Esiliato dagli Hypnobrai, Lloyd libera la tribù dei Fangpyre perché lo aiutino a riprendere il controllo e a vendicarsi. I Fangpyre attaccano, forti del loro morso velenoso, e i ninja si precipitano al deposito di rottami dove vivono i genitori di Jay per salvarli.
Episodio 4
Non fidarti mai di un serpente
I Fangpyre si uniscono agli Hypnobrai e Lloyd libera Pythor, l'ultimo serpente rimasto della tribù degli Anacondrai. Pythor ruba la mappa di Lloyd con l'indicazione del luogo in cui vivono le ultime due tribù, e Sensei Wu cerca di salvarlo da un imminente destino.
Episodio 5
Un bel rompicapo
Pythor sveglia i Venomari e i Constrictai nella speranza di riunirli sotto il suo comando, scatenando una guerra di serpenti. I ninja rischiano la cattura mentre cercano di sventare il piano di Pythor e lo scherzo di Lloyd produce risultati inattesi. Il rischio di una sconfitta è concreto.
Episodio 6
Il re dei serpenti
Pythor si autoproclama leader destinato a risvegliare il Great Devourer, antica bestia imperitura che divorerà l'intera Ninjago. Catturati dalle tribù dei serpenti, Lloyd e i ninja vengono liberati da un misterioso guerriero, mentre Kai scopre qualcosa di sconcertante sul conto di Nya.
Episodio 7
Tik Tak
Seguendo un misterioso falco, quattro ninja si ritrovano in un laboratorio nascosto che potrebbe svelare grandi cose per Zane. Zane scopre la verità sul suo passato e ciò l'aiuta a prendere coscienza del fatto di essere il primo ninja a liberare il suo vero potenziale.
Episodio 8
Morsi e stravolti
L'arrivo delle Serpentine interrompe il primo appuntamento di Jay e Nya al Mega-Monster Luna Park, dove il ninja diventa un serpente dopo essersi punto con una zanna. Pythor e le Serpentine cercano di impadronirsi della prima Lama di Zanna, mentre Jay mette alla prova il suo potenziale, strappando Nya a morte sicura.
Episodio 9
I fabbri reali
Travestiti da ballerini, i quattro ninja s'iscrivono a un concorso, che ha per trofeo una delle Lame di Zanna. Durante il concorso, Cole incontra il padre, leader di un noto quartetto di danza, e si mette alla prova, affrontando una rischiosa minaccia di Pythor.
Episodio 10
Il ninja verde
Nonostante i sospetti, i ninja collaborano con Lord Garmadon per salvare dalle grinfie dei serpenti il figlio scomparso in un tempio su un vulcano. Kai salva Loyd e rivela la sua vera natura: è costretto a riconoscere che non sarà mai il ninja verde, con tutto quello che ciò comporta.
Episodio 11
Meglio di niente
I ninja e Sensei Wu s'introducono nel santuario delle Serpentine, ma finiscono in una trappola. Soltanto una persona può salvarli ed è la più improbabile... Garmadon e l'esercito degli scheletri affrontano Pythor e le Serpentine, consentendo ai ninja di riprendere le Lame di Zanna, ma il pericolo è ancora in agguato.
Episodio 12
Il risveglio del Great Devourer
Al Monte della Fiaccola, Pythor s'impossessa delle Lame di Zanna, lasciando i ninja sospesi nel vuoto. Soccorsi in extremis, i quattro iniziano una corsa contro il tempo. Tornato nella città perduta, Pythor ottiene il successo desiderato, ma si scontra con Sensei Wu, che lo costringe a rendersi conto della forza che ha liberato.
Episodio 13
Il giorno del Great Devourer
I ninja mettono a dura prova la loro forza, lottando contro l'ingordo Great Devourer per salvare Ninjago. Il destino di Ninjago è in bilico e tocca a Lord Garmadon usare le quattro armi d'oro e sconfiggere il Great Devourer.