Episodio 1
Come se ci fossimo incontrate in sogno...
Madoka Kaname, una studentessa di seconda media che vive una vita serena, ha una famiglia amorevole e dei migliori amici. Ride e piange di tanto in tanto. Una notte, fa uno strano sogno. Doveva essere una giornata normale, ma l'arrivo di Homura Akemi, una studentessa trasferitasi nella classe di Madoka, ha cambiato tutto.
Episodio 2
Pensavo che sarebbe molto bello
Mentre salvano Kyubey dall'attacco di Homura, Madoka e Sayaka si perdono in uno spazio misterioso. Si ritrovano in una situazione disperata e vengono salvate da Mami Tomoe, una ragazza magica. In seguito, Mami le invita nella sua stanza.
Episodio 3
Ormai non ho più paura di nulla
Madoka e Sayaka si stanno abituando alla caccia alle streghe di Mami. Eppure i loro desideri rimangono indecisi. Mami rivela il suo passato alle due ragazze ansiose. Sayaka chiede: "Devo desiderare per forza me stessa?"
Episodio 4
I miracoli e le magie esistono
Il giorno dopo la feroce battaglia tra Mami e la strega era una normale giornata di pace. Dopo ciò a cui avevano assistito, Madoka e Sayaka si resero conto pienamente delle difficoltà che comportava essere coinvolte nel mondo magico e rinunciarono a diventare delle ragazze magiche.
Episodio 5
Io non ho alcun rimpianto
Come ragazza magica, Sayaka salva Madoka e Hitomi da una strega. Ora che il suo desiderio si è avverato firmando il contratto di Kyubey, la sua mente è lucida e non sembra pentirsi di essere diventata una ragazza magica.
Episodio 6
Non è per niente giusto tutto questo
Homura appare all'improvviso sul campo di battaglia tra Sayaka e Kyoko. Interviene e stordisce Sayaka con un solo colpo. Dopo aver visto ciò, Kyoko si mette in guardia da Homura e se ne va, ponendo fine alla battaglia.
Episodio 7
Sai affrontare a volto aperto i tuoi veri sentimenti?
Sayaka scopre la verità sul suo corpo di ragazza magica. Oscilla tra il desiderio che si è avverato accettando il destino di combattere e l'alto prezzo che ha pagato per questo. Sayaka è di cattivo umore a casa quando si presenta Kyoko Sakura.
Episodio 8
Sono davvero una stupida
Nonostante la ferita, Sayaka continua a fare a pezzi la strega davanti a lei. Grazie alla magia curativa, vince senza un graffio alla fine. Ma sembra estremamente esausta.
Episodio 9
Io non lo permetterò
La Gemma dell'Anima di Sayaka si trasforma in un seme di dolore nero come la pece, che si schiude e fa emergere una nuova strega. Trasportando il corpo di Sayaka, Kyoko si concentra sulla difesa dagli attacchi della strega in avvicinamento. Homura si infiltra nel labirinto della strega e guida Kyoko alla fuga.
Episodio 10
Ormai non conto più su nessuno
Una scena che ritrae una studentessa trasferita. La ragazza timida è molto nervosa e timida. Si presenta timidamente, mentre si sente gli sguardi di tutti gli studenti della classe. Durante la ricreazione, le altre ragazze si radunano intorno a lei e le fanno domande curiose.
Episodio 11
L'ultima via rimasta
Il funerale di Sayaka si è tenuto sotto la pioggia. Madoka torna a casa con lo sguardo assente. Dice a malapena qualcosa a Junko, che l'ha accolta sulla porta, ed entra nella sua stanza. Kyubey appare davanti a Madoka, persa nel suo dolore, sola.
Episodio 12
La mia migliore amica
Homura sfida Walpurgisnacht da sola e rimane gravemente ferita. Si dispera perché non riesce a vincere, nonostante i suoi ripetuti tentativi. Le sue azioni stanno facendo soffrire ancora di più Madoka, che si sente depressa. La sua Gemma dell'Anima inizia a diventare nera.
