Episodio 1
Prologo dell'inizio e della fine
A una conferenza sui viaggi temporali, Okabe conosce una donna misteriosa che sostiene di averlo incontrato 15 minuti prima e che muore accoltellata.
Episodio 2
Paranoia da spostamenti temporali
Okabe riceve la visita di un autoproclamato viaggiatore del tempo e conduce con successo il primo esperimento di viaggio temporale con il microonde e una banana.
Episodio 3
Paranoia da realtà parallele
Okabe si accorge che il suo microonde è in grado di inviare messaggi nel passato e scopre un segreto scioccante quando finisce nella rete SERN.
Episodio 4
Rendez-vous di collisioni di impossibili teorie erranti
John Titor racconta a Okabe che non è in grado di decodificare i file SERN senza un computer IBN 5100, raro modello difficile da reperire.
Episodio 5
Rendez-vous di collisioni tra cariche elettriche
Okabe scopre i macabri dettagli degli esperimenti sui viaggi nel tempo del SERN, mentre Suzuha lo mette in guardia da Kurisu.
Episodio 6
Divergenza dell'effetto farfalla
Okabe prova a inviare dei messaggi, chiamati "D-Mail", nel passato e cerca di impedire a Moeka di comprendere la natura del suo lavoro ma invano.
Episodio 7
Divergenza della frattura
Okabe altera il tempo con una D-Mail e Titor ritiene che possa perfino salvare il mondo dal suo futuro distopico.
Episodio 8
Omeostasi di una fantasia
Okabe prosegue gli esperimenti con le D-Mail, creando cambiamenti sul pianeta che solo lui riesce a ricordare e provando perfino a far rinascere Ruka come donna.
Episodio 9
Omeostasi di un'illusione
Un cambio di mondo porta alla scomparsa del computer IBN 5100, mentre un altro modifica le proprietà fisiche della città.
Episodio 10
Omeostasi di una vita insieme
Okabe riceve un messaggio minaccioso e Suzuha, non riuscendo a trovare il padre, torna a casa senza neanche salutare.
Episodio 11
Dogma della frontiera spazio-tempo
Okabe scopre un apparecchio televisivo che riesce a inviare D-Mail e Kurisu pensa possa essere usato per far viaggiare le emozioni nel tempo.
Episodio 12
Dogma del limite statico
Kurisu completa la nuova macchina del tempo, mentre Suzuha teme di essere destinata a diventare una spia per il SERN.
Episodio 13
Necrosi metafisica
Okabe usa la macchina del tempo per provare a evitare l'omicidio di Mayuri ma capisce, fin da subito, che la missione è più difficile del previsto.
Episodio 14
Necrosi fisica
Mentre Okabe è sconvolto per non essere riuscito a salvare Mayuri, Kurisu cerca di convincerlo che era un'impresa impossibile e Suzuha fa una rivelazione sorprendente.
Episodio 15
Necrosi di un anello morente
Suzuha rivela come il piano di SERN porterà al regime totalitario entro il 2036, mentre Okabe e il resto del team si mettono alla ricerca del padre della ragazza.
Episodio 16
Necrosi dell'irreversibilità
Okabe rintraccia il padre di Suzuha, ma il tentativo di farli riunire si trasforma in una tragedia a cui cerca di porre rimedio ricorrendo alla macchina del tempo.
Episodio 17
Complesso di un'immagine virtuale distorta
Mayuri è ancora destinata a morire e assieme a Kurisu, Okabe cerca di invertire gli effetti delle D-Mail che hanno modificato irreversibilmente il tempo.
Episodio 18
Androginia auto-similare
Okabe cerca di convincere Ruka delle sue origini maschili e che solo annullando le D-Mail di tale trasformazione è possibile salvare Mayuri.
Episodio 19
Apoptosi di una catena infinita
Quando Okabe scopre che Moeka si è uccisa, cerca di cancellare il suicidio con le D-Mail, ferendo i sentimenti della ragazza.
Episodio 20
Apoptosi del grido di rancore
Okabe localizza l'IBN 5100 scomparso, scopre l'identità del misterioso "FB" e comprende che riprendere il computer significa perdere Kurisu.
Episodio 21
Meltdown del principio di causalità
Okabe spera di mantenere in vita Kurisu senza accedere all'IBN 5100 ma ben presto si accorge che o lei o Mayuri devono morire nella linea dell'universo beta.
Episodio 22
Meltdown dell'esistenza
Kurisu convince Okabe a sacrificarla e a lasciar vivere Mayuri. Mentre sta distruggendo il microonde, Okabe riceve un messaggio importante da Suzuha.
Episodio 23
Lo Steins Gate di frontiera
Okabe e Suzuha tornano indietro nel tempo prima della morte di Kurisu e assistono alla corsa agli armamenti e alla scintilla che ha scatenato la Terza guerra mondiale.
Episodio 24
Prologo della fine e dell'inizio
Okabe si sacrifica nel tentativo di ripristinare le linee temporali e salvare la vita dei suoi compagni.
