Episodio 1
Genesi
Un'epidemia di Virus Apocalypse spinge il Giappone sotto il dominio della GHQ. Il liceale Shu incontra la sua cantante preferita, Inori, che viene presa dai militari.
Episodio 2
La legge del più forte
Le armi genetiche causano un'improvvisa battaglia tra Funeral Parlor e GHQ. Shu distrugge un Endlave e sfugge al pericolo. Gai lo costringe a unirsi alla lotta.
Episodio 3
Void-Sampling
La battaglia è finita. Dopo essersi rifiutato di unirsi ai Funeral Parlor, Shu pensa di tornare alla vita normale, ma deve tutelare la propria libertà.
Episodio 4
Flusso
Per via del tradimento di Yahiro, Shu è sospettato di terrorismo e imprigionato e si chiede se deve credere a Segai della GHQ. La prigione viene attaccata.
Episodio 5
L'addestramento
Shu evade dalla prigione della GHQ. Arrivato al nascondiglio di Gai, si allena indossando un trasmettitore che Segai, deciso ad arrestare Gai, gli ha dato di nascosto.
Episodio 6
Leucociti
L'attacco del satellite Leukocyte è brutale. Tutti i rinforzi dei Funeral Parlor sono annientati e Gai è ferito, ma la squadra si organizza per vendicarsi.
Episodio 7
Tentazione
Un accordo tra Gai e Segai cancella le informazioni sull'incidente dalla GHQ e Shu ritorna alla vita normale, accolto da tutti i suoi compagni.
Episodio 8
Il pensiero del corteggiamento
Shu ha problemi con Souta Tamadate, ma il suo Void è necessario per la missione dei Funeral Parlor, così si dirige con lui a Oshima per portare a termine la sua missione.
Episodio 9
Prey
Guadagnando fiducia dopo la missione dei Funeral Parlor, Shu si ritrova con Yahiro che è in fuga con il fratello Jun e affronta da solo l'attacco di Segai.
Episodio 10
Ritiro
Incapace di salvare Jun, Shu è sopraffatto dalla paura di usare i Void per via degli errori causati dal proprio ego. Quando Tokyo viene attaccata, deve scegliere.
Episodio 11
Risonanza
Mentre il virus si rinforza e si diffonde a nemici e alleati, Tokyo è nel caos più totale. Keido organizza un colpo di stato e dà la colpa ai Funeral Parlor.
Episodio 12
The Lost Christmas
Yuu, il custode della tomba di Daath, usa la spada del Void su Gai e porta via Inori. Shu li segue e trova Keido che sta per iniziare un minaccioso rituale.
Episodio 13
Isolamento
Mana è scomparsa, Gai se n'è andato e sono passate due settimane dal disastro. Shu vive in rifugio con gli altri sopravvissuti.
Episodio 14
Disturbo: elezione
Keido annuncia che a Tokyo non sono rimasti sopravvissuti. Un assedio alla Linea rossa incombe e per tranquillizzare la folla di studenti, Shu decide di agire.
Episodio 15
Confessione: sacrificio
L'ordine è ristabilito con Shu come nuovo presidente del consiglio studentesco, ma molti problemi lo attendono. La tragedia costringe il giovane a riflettere.
Episodio 16
Regno: il tiranno
Argo s'infiltra a Tokyo per salvare Arisa, ma cosa trova? La verità che emerge sconvolge profondamente Shu.
Episodio 17
Esodo
Arisa scopre il segreto per spodestare Shu. È costretta a rimanere in silenzio, ma le voci continuano a diffondersi. Shu invoca il "Piano di esodo".
Episodio 18
Errante: caro...
Shu è punito per i suoi numerosi peccati. All'improvviso il presunto defunto Gai appare davanti a lui, ma è cambiato e il giovane ne resta profondamente sconvolto.
Episodio 19
Rinascita
Dopo uno scontro, Inori perdona finalmente Shu per i suoi peccati. Il giovane affronta Gai da solo rischiando tutto e il suo miracoloso potere disegna un nuovo destino.
Episodio 20
Un diario
25 dicembre 2039: finisce il mondo come lo conosciamo e ne inizia uno nuovo. Viene dichiarata la quarta apocalisse e Shu affronta il suo fatidico nemico.
Episodio 21
Emergenza
Inizia una battaglia che deciderà il destino dell'umanità. Mentre enormi poteri si scontrano, Shu invade il reparto 24 dove Gai l'aspetta per salvare Inori.
Episodio 22
Convergenza
La quarta apocalisse è pronta a illuminare con la luce dell'evoluzione e della selezione gli abitanti della Terra. I due devono risolvere la faida del passato.
