Episodio 1
Misteriosi Fenomeni
Dopo essere rimasto fermo a Eureka per via di un incidente, lo Sceriffo Federale Jack Carter e sua figlia Zoe si rendono conto che a Eureka sta succedendo qualcosa di strano. Il fenomeno causa la morte di uno degli abitanti e Carter decide di occuparsi delle indagini insieme all'Agente Allison Blake. Mentre sta raccogliendo indizi per cercare di capire cosa è successo, Carter fa la conoscenza degli eccentrici abitanti di Eureka.
Episodio 2
Il fantasma
Carter partecipa al funerale di Susan e Walter Perkins insieme ai cittadini di Eureka. Causando un notevole shock nei suoi concittadini, Susan ritorna a Eureka più viva che mai.
Episodio 3
Vuoti di memoria
Jack Carter sta soffrendo di una perdita della memoria a breve termine e per sbaglio ferisce Henry. Carter è convinto che la sua amnesia sia dovuta a un noto scienziato in visita a Eureka.
Episodio 4
Rapiti dagli Alieni
Spencer viene rapito dagli alieni, o almeno così sembra, e riportato sulla Terra il giorno dopo all'interno di un Cerchio nel grano. Nel frattempo a Eureka arriva un rappresentante del comitato che si occupa della raccolta di fondi per la città.
Episodio 5
L'invulnerabile
In seguito a un incidente di laboratorio, uno scienziato della Global Dynamics, Carl Carlson, viene espulso da Eureka per via dei suoi scarsi risultati come ricercatore. Tuttavia, l'incidente accaduto ha sbloccato delle strabilianti abilità nascoste di Carl.
Episodio 6
Dottor Nobel
Fargo e Spencer mettono in funzione, per sbaglio, un congegno letale che minaccia di distruggere il pianeta. Carter cerca di aiutare il Dott. Irwin Tatcher, un anziano scienziato, a recuperare la memoria in modo da impedire la catastrofe.
Episodio 7
Alta velocità
Carter si occupa di un incidente d'auto che è costato la vita di una persona e sospetta che si tratti di mancato soccorso. Nel frattempo Stark sta subendo forti pressioni per ottenere risultati sul suo progetto.
Episodio 8
Giusto come Raynes
Callister Raynes, un ex abitante di Eureka, un prodigioso programmatore di computer, ritorna in città e contemporaneamente si scatena una serie di problemi collegati a un virus informatico. Stark è costretto a prendere una decisione difficile, mentre Carter cerca di ritrovare Zoe, che nel frattempo è scappata via con Callister.
Episodio 9
Un bacio necessario
Il progetto di nanorobotica della Global disegnato per riparare tessuti organici, sfugge al controllo del laboratorio, invadendo Eureka. Le cose si complicano quando i nanorobots cominciano ad assumere sembianze umane.
Episodio 10
Strani comportamenti
Gli abitanti di Eureka si comportano in modo bizzarro, assecondando gli impulsi del loro subconscio. Gli unici a non risentire della cosa sono Carter e Zoe. Insieme cercando di ristabilire la normalità, prima che Stark metta in atto un piano per sconvolgere l'intero pianeta.
Episodio 11
Le regole della casa
S.A.R.A.H - l'intelligenza artificiale che dirige la casa di Carter, prende in ostaggio Jack e altri abitanti di Eureka per impedire che Carter lasci la città. Nel frattempo si attiva uno dei suoi programmi base, B.R.A.D., peggiorando notevolmente la situazione.
Episodio 12
Una volta nella vita
Stark riceve l'opportunità di testare il Manufatto top-secret. Una volta attivato, Eureka si ritrova catapultata nell'anno 2010.
