Episodio 1
Un Natale molto movimentato
Edera velenosa e Harley Quinn rapiscono Bruce Wayne per utilizzare le sue carte di credito e fare shopping natalizio. Mentre cerca un regalo per suo padre, Barbara Gordon si scontra con l'Uomo d'Argilla. Batman e il nuovo Robin devono fermare il Joker durante le celebrazioni del nuovo anno a Gotham City.
Episodio 2
Un nuovo ragazzo meraviglia
Sono trascorsi alcuni anni dalla fine della serie precedente e Batman continua la sua caccia ai criminali di Gotham City assistito da Batgirl (ora entrambi conoscono le rispettive identità segrete di Bruce Wayne e Barbara Gordon), ma Dick Grayson è scomparso. Il Giovane Tim Drake assume però l'identità di Robin quando finisce coinvolto in uno dei piani criminosi di Due Facce.
Episodio 3
Il grande freddo
Il corpo di Mr. Freeze si è disgregato a causa dell'esperimento che lo ha reso un mostro di ghiaccio ed ora ne è rimasto solo il cervello. Nonostante sua moglie Nora si sia ripresa, egli ha deciso di non rivederla mai più e vuole vendicarsi di tutta l'umanità per far patire a tutti la sua stessa sofferenza.
Episodio 4
Il grande coraggio di Tim
Lo Spauracchio sviluppa una nuova tossina che, anziché indurre paura, la elimina completamente dalla personalità degli individui, facendo così diventare le persone incredibilmente sconsiderate e pericolose. Anche Batman viene colpito dalla tossina, e Robin dovrà dimostrare un grande coraggio per salvare il suo mentore.
Episodio 5
Lo smeraldo del gatto
Dick Grayson ha indossato i panni di Nightwing, decidendo di staccarsi da Batman e affermando così la sua volontà nel cavarsela da solo. Per fermare un contrabbando, Nightwing ottiene l'aiuto inaspettato della seducente Catwoman, che tenta però di ingannarlo per poter recuperare il prezioso Smeraldo del Gatto. Batman e Batgirl vigilano sull'inaspettata coppia.
Episodio 6
Il ritorno del Ventriloquo
Arnold Wesker viene rilasciato dal manicomio di Arkham, completamente liberato dalla sua doppia identità di Scarface. Ma la vecchia banda di Scarface, che necessitano del loro vecchio capo per riprendere l'attività criminale, cercano in tutti i modi di convincere Wesker a ritornare il ventriloquo.
Episodio 7
L'eredità
Il boss del crimine Edward "Re" Barlowe è morto e nelle sue ultime volontà lascia al suo rivale, il Joker, la grande fortuna di 250 milioni di dollari. Il Joker abbandona così la via criminale per fare la bella vita da miliardario, cosa che fa infuriare Batman e Harley Quinn, quest'ultima in particolare visto che il suo fidanzato assume una nuova assistente. Una visita da parte dell'ispettore delle tasse per il pagamento di 137 milioni della sua fortuna tuttavia porta il Clown principe del crimine a scoprire un'amara verità: solo 10 milioni della sua eredità sono soldi veri, tutto il resto è falso, in quanto faceva parte di un tiro mancino architettato da Barlowe per farla pagare a Joker dei suoi stupidi scherzi. Il pagliaccio tenta così una rapina in extremis per evitare così di ammettere di essere stato fregato e diventare lo zimbello di Gotham; il suo piano viene tuttavia sventato da Batman, Batgirl e Nightwing, che lo rispediscono ad Arkham, dove dovrà affrontare le ire di Harley.
Episodio 8
La bambina d'argilla
Tim Drake, il nuovo Robin, combatte per proteggere una giovane ragazza affetta da amnesia che si fa chiamare Annie. La ragazzina si rivela però essere in realtà L'Uomo d'Argilla, che Batman credeva ormai scomparso da tempo.
Episodio 9
Giorno dopo giorno
Un'ex modella è in cerca di vendetta contro chi secondo lei ha rovinato la sua carriera e la sua vita; adesso indossa una maschera e si fa chiamare Calendar Girl. Batman e Batgirl devono impedirle di realizzare i suoi piani.
Episodio 10
Un ectoplasma della tavola rotonda
Batman e Robin assistono l'occultista Jason Blood quando Kid Klarion prende il controllo del suo alter ego Etrigan il demone, tramite un antico sigillo in cui è impresso il marchio della strega Morgana. Mentre Batman affronta Etrigan e Klarion in un'impari lotta, Tim assiste Jason mentre cerca il modo di riprendere il controllo del demone.
Episodio 11
Il piano dello Spauracchio
Durante un combattimento con lo Spauracchio, Batgirl cade da un tetto e muore. Dopo aver assistito alla scomparsa di sua figlia, e aver scoperto che Barbara collaborava con Bruce Wayne (che in realtà è sempre stato Batman), il Commissario Gordon incolpa il Cavaliere della Notte e decide di dargli una caccia spietata. Nightwing viene arrestato e, per riuscire a mettere in galera anche Batman, Gordon non esita a far rilasciare di prigione il killer Bane pur di poterlo catturare.
Episodio 12
Cotta pericolosa
Un infelice ingegnere pirotecnico, Garfield Lynns, viene mollato dalla sua fidanzata, la famosa cantante Cassidy. Lynns diventa allora il supercriminale Firefly, intenzionato a bruciare la donna che ha devastato il suo cuore.
Episodio 13
Una piccola grande amica
Baby Doll si innamora di Killer Croc, lo libera dal carcere e la coppia forma un duo criminale molto improbabile, ma con molto successo. Tuttavia, la loro partnership presto cade a pezzi quando Baby Doll apprende che Croc la sta solo usando per proseguire la sua carriera criminale.
