Episodio 1
Trasformazione gatto!
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Episodio 2
Una nuova amica
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Episodio 3
Il fantasma della scuola
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Episodio 4
Appuntamento con spavento
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Episodio 5
Ginnasta esordiente
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Episodio 6
La forza della musica
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Episodio 7
Il debutto di Paddy
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Episodio 8
Una montagna da salvare
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Episodio 9
Il fratello
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Episodio 10
La squadra si completa
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Episodio 11
Si comincia da cinque!
Le Mew Mew sono ancora affrante dal rifiuto di Pam di entrare nella squadra, ma decidono comunque di non darsi per vinte e di provare a convincerla. Pam, intanto, viene avvicinata da Quiche che le propone di farla tornare ad essere una persona normale in cambio del suo aiuto per sbarazzarsi delle Mew Mew, ma Pam rifiuta. Le ragazze intervengono, ma Quiche imprigiona Lory, Mina e Paddy in un'altra dimensione e ricatta Strawberry: se vuole rivedere le sue amiche, dovrà affrontare e sconfiggere Pam. Quest'ultima rifiuta di farsi coinvolgere e anche Strawberry non accetta di stare al gioco di Quiche, ma incolpa Pam dell'accaduto...
Episodio 12
L'ombra dei ciliegi
Quiche infetta cinque ciliegi con un virus che farà loro produrre una tossina che inquinerà irrimediabilmente l'atmosfera terrestre; Ryan e Kyle incaricano le Mew Mew di trovare e guarire gli alberi in questione. Uno dei ciliegi è un albero molto caro a Mark che ha la particolarità di fiorire fuori stagione; Mew Berry raggiunge il ciliegio proprio nell'attimo in cui il ragazzo si reca a visitare l'albero e si imbatte in Quiche. L'alieno tenta di convincere la ragazza, per cui ormai prova evidentemente qualcosa, ad unirsi a lui, ma Mew Berry rifiuta e purifica il ciliegio, salvando Tokyo. Mark, però, sembra riconoscerla e la chiama con il nome di Strawberry; la ragazza, sconvolta, si presenta a lui semplicemente come una delle ragazze Mew Mew e fugge via.
Episodio 13
Il richiamo del cuore
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Episodio 14
L'amore perduto
Strawberry conosce Rei, una ricercatrice che si occupa di studiare le farfalle; nel frattempo, Kyle è impegnato a creare una torta di compleanno per una persona di cui non vuole parlare e Strawberry scopre casualmente che si tratta proprio di Rei. Ryan le spiega che Rei e Kyle stavano insieme, ma lui ha dovuto lasciarla per seguire il Progetto Mew e da allora, tutti gli anni, prepara una torta per il suo compleanno, ma senza mai consegnargliela. Le ragazze convincono Kyle a portare la torta a Rei; una volta arrivate, scoprono che Pie e Tart hanno preso di mira Rei e hanno usato la sua forza vitale e una delle sue farfalle per creare un Chimero con cui attaccano le Mew Mew. Le ragazze risolvono la situazione e Kyle e Rei si chiariscono: con immenso stupore, i due si lasciano definitivamente, comprendendo di non poter rinunciare alle proprie ricerche in nome della loro relazione, ma ringraziandosi reciprocamente e di cuore per le sensazioni condivise assieme.
Episodio 15
Mash alla riscossa!
Le ragazze discutono sul fatto che Mash non si fa mai valere durante i combattimenti contro gli alieni e il piccolo robot ci rimane molto male. Mash, deciso a dimostrare di non essere affatto inutile, cerca di aiutare le Mew Mew a combattere un Chimero di Tart e come risultato finisce risucchiato nella dimensione degli alieni. Pie decide di analizzarlo per scoprire se custodisca qualche segreto sulle Mew Mew e lo sottopone a terribili test; il robottino riesce ad inviare un segnale di emergenza che permette a Ryan e Kyle di localizzare il punto di accesso alla dimensione degli alieni. Le Mew Mew comprendono di aver ferito i sentimenti di Mash e corrono a salvare il loro amico, ma vengono intrappolate dagli alieni; Mash riesce a liberarle e Mew Berry è così commossa dal coraggio del piccolo robottino da ottenere un nuovo potere, grazie al quale le Mew Mew sconfiggono gli alieni ancora una volta.
Episodio 16
Primo tenero amore
Lory, in biblioteca, fa la conoscenza di un ragazzo di nome Rory (Norihiro) e se ne innamora. Dopo che lui le ha regalato un libro di fotografie, Lory decide di dichiararsi, ma Pie attacca la biblioteca con dei Chimeri per ottenere più informazioni sugli esseri umani. Rory corre subito a proteggere la bibliotecaria Satsuki e Lory capisce che in realtà i due sono fidanzati. Sconfitti i Chimeri, Rory regala alla sua fidanzata un anello di fidanzamento e Lory ammette che il suo primo amore è finito ancor prima di cominciare.
Episodio 17
Un cavaliere all'orizzonte
È arrivata l'estate e Mark propone a Strawberry di andare in gita assieme. La ragazza accetta, ma il giorno dell'appuntamento prende l'influenza. Ryan e Kyle, intanto, scoprono che gli alieni sono gli abitanti originali della Terra e che la loro civiltà risale a ben prima della comparsa della razza umana, ma dovettero abbandonare il pianeta a causa dei cambiamenti climatici e migrarono su un altro mondo il cui ambiente ostile sta tuttavia mettendo a dura prova la sopravvivenza della loro specie. Il loro obiettivo è perciò tornare sulla Terra dopo averla liberata dagli umani, che loro considerano usurpatori. Gli alieni attaccano le Mew Mew: Pam e Mina devono vedersela con Pie, Lory e Paddy combattono contro Tart e Strawberry affronta Quiche, che si presenta a casa sua per portarla via. Strawberry è indebolita dall'influenza e non è in grado di difendersi, ma interviene in suo soccorso un misterioso uomo con l'aspetto simile a quello di un alieno, il Cavaliere Blu.
Episodio 18
Confusione di mezza estate
Il Cavaliere Blu affronta Quiche; sul posto intervengono anche le altre Mew Mew, che nel frattempo si sono sbarazzate dei Chimeri di Pie e Tart; i tre alieni cercano di dare battaglia, ma vengono sopraffatti e costretti a ritirarsi. Il Cavaliere Blu si congeda, ma prima assicura Mew Berry che la proteggerà sempre perché questo è il suo compito. Le ragazze cercano di capire chi possa essere: Paddy suggerisce che si tratti di Ryan, che è comparso subito dopo che il Cavaliere Blu se n'è andato ed inoltre gli somiglia molto, ma il ragazzo nega. Anche gli alieni si interrogano sul misterioso cavaliere e Quiche ipotizza possa trattarsi del loro capo, Profondo Blu, di cui nessuno ha mai visto il vero aspetto, scontrandosi però con lo scetticismo di Pie e Tart. Strawberry riesce finalmente ad avere il suo appuntamento con Mark e dopo aver parlato con lui, a fine giornata confessa alle altre di pensare che il Cavaliere Blu sia proprio Ryan.
Episodio 19
Un tuffo nella luce
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Episodio 20
Piccola mamma
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Episodio 21
Litigi e amicizia
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Episodio 22
Emergenza compiti
È l'ultimo giorno delle vacanze estive e Strawberry deve ancora fare tutti i compiti delle vacanze, ma Mark la invita a uscire e lei non rifiuta. Durante l'appuntamento, per un'incomprensione telefonica, Strawberry corre al Café, pensando che le altre siano state attaccate dagli alieni, ma in realtà si è semplicemente rotto un tubo dell'acqua. Tart, dopo aver perso alla morra cinese con Pie e Quiche, infesta la città con dei Chimeri cicale, costringendo le Mew Mew a passare tutta la giornata a dare la caccia ai Chimeri, negando a Strawberry ogni possibilità di fare i compiti delle vacanze.
Episodio 23
Giovani ammiratrici
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Episodio 24
Il gioiello conteso
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Episodio 25
Il bozzolo del pericolo
Ryan e Kyle scoprono che il cristallo originale di Aqua Mew, battezzato Aqua Cristallo, potrebbe trovarsi in una delle sacche di argilla nel sottosuolo di Tokyo; anche gli alieni sono arrivati alla stessa conclusione e stanno scavando enormi voragini in tutta la città utilizzando dei Chimeri talpa per trovare il prezioso cristallo. Quiche decide di creare un diversivo per distrarre le Mew Mew e crea sulla Tokyo Tower un bozzolo che si schiuderà entro pochi giorni, liberando un'immensa falena velenosa le cui tossine spazzeranno via l'intera popolazione. Pie e Tart sospettano che Quiche nasconda qualcosa, ma decidono di lasciargli comunque le redini dell'operazione. Mark invita Strawberry ad uscire e la ragazza accetta, grazie anche a Ryan che concede a lei e alle altre un pomeriggio di pausa dalle ricerche dell'Aqua Cristallo. Kyle individua il bozzolo grazie a Mash e avvisa le Mew Mew, che si precipitano sul posto.
Episodio 26
La luce della vittoria
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Episodio 27
Sogni e segreti
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Episodio 28
Il bacio del gatto
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Episodio 29
Al cuore non si comanda
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Episodio 30
La sfera di cristallo
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Episodio 31
Un papà geloso
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Episodio 32
Una questione di classe
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Episodio 33
Un fidanzato per Paddy
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Episodio 34
Fidarsi è bene…
A una fiera di beneficenza, Lory vende alcuni pupazzi di pezza creati appositamente da lei e conosce Ayano, una creatrice di bambole, che le propone di lavorare insieme. Lory accetta e le due creano una bambola che verrà esposta alla prossima fiera. Ma alla fiera il gruppo delle Mew Mew ha una spiacevole sorpresa, in quanto la bambola di Lory viene fatta passare per una creazione solo di Ayano, che finge di non conoscerla. Sconfitto il Chimero di Quiche, Ayano spiega di essere ricorsa a questa tattica meschina perché aveva un calo di creatività, ma Lory la perdona, ammettendo che aveva intuito tutto fin dall'inizio.
Episodio 35
Il compleanno di Momoka
Strawberry consegna una torta per il compleanno di Momoka, una bambina che ammira moltissimo Pam. Quella sera, Pam vede la bambina cenare tutta sola al ristorante perché i suoi genitori sono bloccati in ufficio per il troppo lavoro e decide di cenare con lei, tenendole compagnia. Qualche giorno dopo, le Mew Mew sono in un parco alla ricerca dell'Aqua Cristallo e Pam vede Momoka, scappata via dal resto della classe perché i suoi genitori non sono potuti venire al pic-nic organizzato dalla scuola, nelle mani di Quiche, che vuole il medaglione della bambina, convinto che al suo interno ci sia l'Aqua Mew. Pam salva Momoka e la fa pagare a Quiche, che se ne va.
Episodio 36
Il passato di Ryan
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Episodio 37
Lacrima lucente
Il Natale si avvicina e Strawberry non vede l'ora di passare le feste con Mark, ma è preoccupata e dispiaciuta perché gli sta nascondendo la sua seconda identità. Pam interviene per consigliarla e la accompagna a comprare un regalo per lui: un ciondolo con una pietra lucente, la "lacrima di Natale". Strawberry invita Mark per un appuntamento a Odaiba, dove è stato allestito un albero di Natale cittadino, ma il luogo viene attaccato da Quiche e la ragazza corre ad affrontarlo, rivelando con la propria energia la presenza di un cristallo di Aqua Mew proprio in cima all'albero di Natale.
Episodio 38
Il Natale dei segreti
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Episodio 39
I sogni rubati
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Episodio 40
Pericolo allo stadio
Paddy è allo stadio per assistere ad uno spettacolo di acrobati, ma si trova ad avere a che fare con Tart, che sta cercando di far sprofondare la struttura utilizzando un Chimero. Tart cerca di aizzare il Chimero contro Paddy, ma non riesce a controllare il mostro, che fa crollare la voragine sotterranea in cui si trovano: Paddy e Tart sopravvivono, ma rimangono intrappolati. Ryan e Kyle rilevano la presenza del Chimero e mandano immediatamente le altre Mew Mew allo stadio: le ragazze sconfiggono il mostro senza difficoltà e usano i loro poteri per sorreggere lo stadio mentre Ryan e Kyle evacuano le persone all'interno. Le Mew Mew riescono nell'impresa grazie all'inaspettato aiuto di Tart, che riesce anche a portare in salvo Paddy. Tart sostiene di averlo fatto solo perché ne aveva voglia, ma Paddy capisce che il piccolo alieno si è ormai affezionato a lei e lo ringrazia da amica.
Episodio 41
Chimero inquinante
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Episodio 42
Il dilemma di Pam
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Episodio 43
Amica o nemica?
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Episodio 44
Giungla in città
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Episodio 45
Il cavaliere smascherato
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Episodio 46
Una luce nel fiume
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Episodio 47
Il Cavaliere Blu è in pericolo
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Episodio 48
Il labirinto
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Episodio 49
Il risveglio di Profondo Blu
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Episodio 50
Io sono una Mew Mew!
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Episodio 51
Lo scontro finale
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Episodio 52
Mew Mew angeli protettori!
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