Episodio 1
Più le cose cambiano… (prima parte)
Dopo essersi separato da Gwen e Kevin, a Ben viene assegnato un nuovo partner alieno chiamato Rook Blanko. Nel frattempo, Khyber il caccaitore prende di mira Ben come sua prossima preda.
Episodio 2
Più le cose cambiano… (seconda parte)
Rook e Ben trovano una misteriosa città aliena sotto Bellwood dopo aver impedito a 3 criminali alieni, Liam, Fistina e Bubble, di far saltare in aria l'ipermercato del signor Baumann con un ordigno.
Episodio 3
Una scossa dal passato
I Megawhatt contro cui Ben ha combattuto in gioventù cercano il suo aiuto quando vengono usati come fonte di energia per il cattivo Fistrick.
Episodio 4
Elica problematica
Infiltrandosi nella base dei risolutori, Khyber carica il filmato dell'incontro del giovane Ben con un Metamorph corrotto chiamato Malware.
Episodio 5
L'elisir miracoloso
Ben e Rook devono impedire a un gigantesco alieno infuriato di distruggere Bellwood mentre hanno a che fare con un attivista pacifico per i diritti degli alieni che non vuole che la creatura venga ferita.
Episodio 6
Il re delle formiche
Ben e Rook tentano di fermare il dottor Animus e le sue formiche giganti.
Episodio 7
Arrivederci e grazie per tutti i frappè
Quando Ben e Rook indagano su una misteriosa nave fantasma aliena, scoprono che Argit e i fratelli Vreedle stanno combattendo per il possesso di un dispositivo apocalittico.
Episodio 8
Ondata di caldo
Ben e Rook si imbattono in alieni elastici e dal sangue caldo che pianificano di attivare un vulcano con un motore per una bomba nucleare.
Episodio 9
Predatori e prede (prima parte)
Viene rivelato che durante uno scontro con l'undicenne Ben Tennyson, Malware ha toccato il simbolo dell'Omnitrix su 2x2. Dopo la battaglia, andò dal dottor Psycho e gli fece creare un prototipo di Omnitrix, il Nemetrix. Nel presente, dopo un'accesa discussione, Ben e Rook si separano, dando a Khyber la migliore possibilità di catturare Ben.
Episodio 10
Predatori e prede (seconda parte)
Dopo aver preso in ostaggio Ben sulla sua nave, Khyber gli rivela che ha bisogno di un DNA alieno diverso per completare la versione malvagia e incompleta dell'Omnitrix: il Nemetrix. Rivela anche che il dottor Psycho gli ha assegnato la caccia a varie specie per il DNA da trasferire al Nemetrix.
