Episodio 1
L'emissario
Data Stellare 46379.1: Bajor, un pianeta in una zona di secondaria importanza, è stato sottratto dal dominio cardassiano dopo cinquanta anni di occupazione. Il Comandante della Flotta Stellare Benjamin Sisko si appresta ad assumere il comando della ex stazione spaziale cardassiana Terok Nor, ribattezzata Deep Space Nine, nei pressi del pianeta, insieme al Maggiore Kira Nerys, che rappresenta il governo provvisorio bajoriano. Apparentemente, l'importanza strategica della stazione è trascurabile, ma ben presto si mettono in moto alcuni avvenimenti che potrebbero trasformare Deep Space Nine in un luogo di straordinaria importanza per tutto il settore.
Episodio 2
Il Terrorista
Nei pressi di Deep Space Nine arriva una nave inseguita dai cardassiani, il cui pilota viene salvato in extremis: si tratta di Tahna Los, un ex terrorista (o patriota, a seconda dei punti di vista) bajoriano, vecchia conoscenza di Kira.
Episodio 3
Uno strano delitto
Un vecchio avversario di Odo arriva su Deep Space Nine e, poco tempo dopo, successivamente ad una lite con lo stesso Odo, viene trovato ucciso. Gli abitanti bajoriani della stazione vorrebbero farsi giustizia da soli, ma la realtà è assai più complessa.
Episodio 4
Il virus di Babele
Deep Space Nine sta lentamente tornando all'efficienza, anche grazie al continuo lavoro di riparazione effettuato da O'Brien e dai suoi tecnici. Ma è proprio uno di questi interventi ad attivare inavvertitamente un pericolosissimo dispositivo di guerra batteriologica che era stato installato sui replicatori alimentari della stazione dai bajoriani durante l'occupazione cardassiana.
Episodio 5
La Preda
Il primo visitatore dal quadrante Gamma arriva a Deep Space Nine su una nave gravemente danneggiata. Si tratta però di un visitatore molto speciale, che sembra assai sospettoso, non fornisce molti dettagli su di sé ed ha tutta l'aria di essere inseguito da qualcuno.
Episodio 6
Per amore di Q
Ritornando dal quadrante Gamma, Jadzia Dax riporta con sé Vash, che dispone di una serie di manufatti raccolti nelle sue esplorazioni e trova subito in Quark un volenteroso socio, pronto ad organizzare quanto necessario per fare ottimi affari. Ma Vash non è sola, con lei c'è anche Q, pronto a dare grattacapi e mettere in allarme lo staff di comando di Deep Space Nine.
Episodio 7
Il passato di Dax
Dax è sotto accusa per un crimine che avrebbe commesso il suo ospite precedente, Curzon Dax. Mentre Odo indaga, Dax viene giudicata colpevole.
Episodio 8
Il clandestino
Bashir e Kira scoprono su una nave gravemente danneggiata un criminale alieno morente. Quando il criminale muore, tutti sono convinti della sua morte, tranne l'alieno che l'ha catturato.
Episodio 9
Il gioco dei Wadi
Gli ufficiali superiori di Deep Space Nine sono in alta uniforme: sulla stazione sta per arrivare la prima delegazione di una civiltà scoperta da una nave vulcaniana nel quadrante Gamma, i Wadi. Gli alieni, però, sembrano non essere affatto interessati alle procedure diplomatiche e la prima cosa che chiedono è di venir portati da Quark per giocare d'azzardo.
Episodio 10
Nagus per un giorno
Quark ospita il Grande Nagus dei Ferengi, Zek, capitato su Deep Space Nine per trattare un importante affare. Prima di occuparsi dei suoi soldi, però, Zek vuole provare alcuni dei programmi delle holosuite di Quark. Nel frattempo, però, il barista si preoccupa del suo bar: se il suo istinto non lo inganna, il Nagus è lì per costringerlo a vendere il suo locale.
Episodio 11
La chiave vivente
Croden, un umanoide di Rakhar, ha attirato l'attenzione di Odo. Il capo della sicurezza di Deep Space Nine non si fida degli sconosciuti, ma ancor meno si fida di Quark e decide quindi di indagare per vedere se il barista della Passeggiata ha qualche affare in ballo con due Miradorn appena giunti sulla stazione che sono stati invitati a bere un drink proprio da Quark. Durante le trattative per la vendita di un artefatto molto prezioso, Croden si fa vivo minacciando i Miradorn e Quark con un'arma, pretendendo la consegna dell'oggetto. Odo interviene nella rissa che segue, ma non riesce ad impedire che un colpo sparato dallo sconosciuto uccida uno dei due Miradorn.
Episodio 12
Guerra per sempre
Kai Opaka, venuta su DS9, chiede di visitare il Tempio Celeste e il quadrante Gamma. Purtroppo, una richiesta di salvataggio da un pianeta condannerà la vita della Kai.
Episodio 13
Colui che racconta
O'Brien accompagna il Dottor Bashir su Bajor, dove dovrà soccorrere l'anziano Sirah di un villaggio, un capo carismatico con il potere di sconfiggere un'entità maligna che attacca la sua gente per cinque notti ogni anno. Quella che verrà sarà la quarta notte e se il Sirah non potrà intervenire, l'intero villaggio sarà condannato. Anche se debole, il Sirah riesce a far fronte alla minaccia, che si presenta sotto forma di una densa nuvola capace di ricoprire in poco tempo tutto il villaggio. Rivolto al cielo, il Sirah racconta con enfasi del coraggio del suo popolo e a poco a poco la nuvola si ritrae. Ma l'esperienza lo ha sfinito e quando torna nei suoi alloggi cade in uno stato di incoscienza. Poco prima di morire il Sirah riprende conoscenza e designa il Capo O'Brien come suo successore...
Episodio 14
Un addio difficile
Una luna di Bajor, colonizzata durante il dominio cardassiano, deve ora essere evacuata perché ne venga estratto il nucleo, destinato alla produzione di energia, ma il Maggiore Kira si trova a combattere con un vecchio orgoglioso e ostinato, Mullibok, che non vuole abbandonare la sua casa. Mullibok si è stabilito su quella luna anni prima, dopo essere riuscito a sfuggire ai Cardassiani. Insieme ai suoi amici Baltrim e Keena si è costruito una casa, ha coltivato la terra e ha ritrovato un'esistenza semplice, ma dignitosa...
Episodio 15
Sogni pericolosi
Miles O'Brien sta raccontando una favola alla sua piccola, quando il protagonista della fiaba, lo gnomo Rumplestiltskin, prende vita proprio vicino al letto della bambina, Jake sta giocando a baseball in una delle saleologrammi quando decide di interrompere il programma perché ha fame e viene seguito da uno dei giocatori olografici, che ha fame anche lui. Anche i desideri di Bashir prendono vita sotto forma di una Jadzia Dax perdutamente innamorata di lui. La causa di tutto questo si trova forse nello spazio intorno a Deep Space Nine: una frattura subspaziale che si sta allargando minaccia di inghiottire la stazione e l'intero sistema bajoriano.
Episodio 16
Il cucciolo
Alcuni ambasciatori della Federazione sono in visita su Deep Space Nine e Sisko affida al Dottor Bashir il compito di seguirli e soddisfare le loro richieste. Fra i diplomatici vi è anche Lwaxana Troi, ambasciatrice di Betazed che, dopo essere stata difesa da Odo al bar di Quark, lo ricopre di attenzioni. Il pudico mutaforma non si trova a suo agio con l'esuberante Betazoide e cerca di evitarla in ogni modo, ma la donna non gli dà tregua. Improvvisamente sulla stazione si scatena una raffica di guasti senza spiegazione che mettono in pericolo gli ambasciatori affidati a Bashir e bloccano Odo e Lwaxana Troi in un turboascensore...
Episodio 17
Dramma involontario
Per ragioni sconosciute, una nave klingon esplode a poca distanza da DS9. Uno dei suoi occupanti viene trasportato in infermeria e muore subito dopo avere pronunciato la parola "vittoria". Dax e O'Brien si imbarcano su una navetta per cercare di scoprire le cause dell'esplosione. Da quel momento l'ordine e la disciplina vengono a poco a poco turbati, fino a degenerare in un vero e proprio tentativo di ammutinamento da parte del Maggiore Kira Nerys..
Episodio 18
Colpevole ad ogni costo
Quando un vascello chiede di far sbarcare un passeggero affetto da Kalla-Nohra, Kira è molto emozionata. Gli unici casi di questa rara malattia si erano verificati in un campo di lavoro cardassiano e il malato non può essere che un ex prigioniero bajoriano. Con sua grande sorpresa, scopre che si tratta invece di un Cardassiano. Se ha contratto la Kalla-Nohra, non poteva che essere uno dei guardiani del campo di lavoro e Kira è ben decisa a vederlo finalmente punito per i suoi crimini di guerra. Le indagini però rivelano che il Cardassiano Marritza era soltanto un innocuo e pavido archivista...
Episodio 19
Nelle mani dei profeti
Su Deep Space Nine è giunta in visita Vedek Winn, uno dei leader spirituali di Bajor, probabile candidata a diventare la prossima Kai. La prima tappa della visita di Winn è la scuola in cui insegna la moglie di O'Brien, Keiko. La lezione è incentrata sul tunnel spaziale scoperto vicino Bajor, che è spiegato come fenomeno artificiale, diverso dai consueti tunnel spaziale. Vedek Winn puntualizza che il tunnel spaziale non è un fenomeno fisico, ma il Tempio Celeste dei Profeti. Keiko obbietta che quella scuola non vuole sostituire i leader spirituali e quindi il suo compito è attenersi ai fatti, ma Winn si sente ormai oltraggiata e minaccia di chiudere la scuola se Keiko non sarà allontanata per aver professato delle blasfemie.
