Episodio 1
Frammentazione
Viaggiando indietro nel tempo dal 2043 al 2015, James Cole chiede aiuto alla virologa Cassie Railly per rintracciare un ex agente della NSA e fermare un'epidemia.
Episodio 2
L'antro della follia
Jones è convinta che il collegamento con l'esercito delle 12 scimmie sia da ricercare in un ospedale psichiatrico e manda Cole nel 2015 a indagare.
Episodio 3
La sindrome di Cassandra
Cole interroga il dottor Henri Toussaint, l'unica persona, oltre a Jennifer, a sapere della stanza della notte e del luogo in cui si trova il virus.
Episodio 4
ATARI
Jones, Cole e Ramse lottano per salvare la macchina del tempo, quando il suo santuario viene invaso da un gruppo di vecchie conoscenze.
Episodio 5
La stanza nella notte
Il comportamento frettoloso di Jones e Cole preoccupa Ramse. Cole torna nel 2015 per investigare sulla stanza della notte.
Episodio 6
Una foresta rossa
Bloccato in un loop temporale, Cole deve uscire dalla realtà alternativa del 2043 e unirsi ad Aaron per impedire l'omicidio di Cassie e ripristinare la linea temporale.
Episodio 7
Le Keys
Cole, Cassie e Aaron iniziano a cercare il collegamento della CIA all'operazione Cavallo di Troia. La dedizione di Cassie alla missione viene messa alla prova.
Episodio 8
Ieri
Jones e Ramse, demoralizzati per la scomparsa di Cole, tramano per ottenere un nucleo energetico con cui alimentare la macchina del tempo. Cassie cerca Cole nel 2015.
Episodio 9
Domani
Ancora bloccato nel 2017, Cole vede in TV il comunicato di Cassie sull'epidemia. Tornato nel 2043, Jones respinge le accuse di Foster su una cura.
Episodio 10
Mossa divina
Ramse e Cole restano in disaccordo sul modo migliore per proteggere il futuro. Cole torna nel 2015 alla ricerca del dottore che ha creato il virus.
Episodio 11
Shonin
Nella Tokyo del 1987 si verificano eventi di vasta portata. Gli amici diventano nemici e qualcuno sembra trionfare, assicurando la diffusione del virus.
Episodio 12
Paradosso
Mentre Cole, ferito, finisce nel 2015, tocca a Cassie e a una giovane Jones ordire un piano per far rivivere James.
Episodio 13
These arms of mine
Libero arbitrio e destino si scontrano quando le azioni di Cole minacciano di minare l'esercito e un nuovo viaggiatore del tempo entra in scena.
