Episodio 1
Il Clone Fantasma
Il Generale Grievous ruba le spade laser di un gruppo di Padawan alla Jedi Training Academy, e lui e il Conte Dooku progettano di usare i cristalli delle spade laser per creare un esercito di cloni Sith superpotenti su Kamino. Yoda e Mace Windu intraprendono una missione per fermarli. Nel frattempo, i Padawan provano a recuperare le loro spade laser, con la grande preoccupazione di C-3PO.
Episodio 2
La Minaccia Dei Sith
L'unico clone Sith sopravvissuto, Jek-14, decide di non combattere per il lato oscuro della forza e vuole essere lasciato solo per costruire in pace, ma sia i Jedi che i Sith lo vogliono dalla loro parte, con quest'ultimo che pianifica di usarlo per clonare un esercito malvagio. Nel frattempo, C-3PO smette di essere l'insegnante supplente dei Padawan e il Consiglio dei Jedi assume Anakin Skywalker come suo sostituto.
Episodio 3
L'attacco Dei Jedi
Dopo che il piano dei Sith di creare cloni Sith è fallito, iniziano a insegnare a un gruppo di Badawans sul pianeta Mustafar. Quando i Jedi ottengono una mancia di questo, si dirigono lì per fermarli, ma quando raggiungono delle complicazioni, devono persuadere Jek-14 ad aiutarli, nonostante lui non voglia combattere per entrambi i lati della Forza. Nel frattempo, Darth Sidious cerca di incontrare i malvagi Padawan, ma ha difficoltà ad allontanarsi da C-3PO.
