Episodio 1
L'università di Kingston
Nel campus dell'Università di Kingston si aggira un fantasma che terrorizza tutte le aspiranti matricole.
Episodio 2
L'amico in pericolo
Chuck, il migliore amico di Fred, è in pericolo: viene attaccato da un guerriero mentre cerca un tesoro nascosto nelle Grotte Zatari. La gang si precipita a salvarlo.
Episodio 3
Tutte le zampe sul ponte
Scooby e i suoi amici si lasciano alle spalle mostri e misteri e vanno in vacanza sulla nave del cugino di Fred. Ma non avevano calcolato che esistono anche i mostri marini.
Episodio 4
Gargoyle all'attacco
Un gargoyle minaccia le riprese della serie TV preferita di Scooby, "La Barboncina Giustiziera". Scooby deve farsi coraggio e sconfiggere il mostro se vuole conquistare la barboncina.
Episodio 5
Il fantasma del baseball
Dopo tanti misteri risolti, Shaggy non vede l'ora di godersi in santa pace una partita del suo amato baseball. Ma persino nello stadio si aggirano fantasmi pronti a guastargli il divertimento.
Episodio 6
Una notte al museo egizio
Fred offre a Jeff, la guida del museo, la possibilità di fare da leader alla gang per risolvere il mistero del coccodrillo egiziano che spaventa le guardie durante la notte.
Episodio 7
Silenzio, Scooby-Doo
Scooby e la gang devono catturare un mostro restando completamente in silenzio. In effetti potrebbe essere la missione più difficile di sempre.
Episodio 8
Il Conte senza testa
I genitori di Daphne organizzano una Cena con Mostro a casa loro. Il gioco si rivela più interessante del previsto per Scooby Doo e i suoi amici: appare un Conte senza Testa che rapisce sul serio le persone.
Episodio 9
Mistero Rock'n'Roll
La Mystery Inc. è alle prese con un mistero a ritmo di rock'n'roll. Il fantasma di una cantante infesta un teatro che rischia di essere chiuso per sempre.
Episodio 10
In cucina con lo yeti
Un vecchio amico della gang ha aperto un ristorante, ma le visite indesiderate di uno yeti rischiano di farlo fallire. Per fortuna Scooby e i suoi sono sul posto, armati di coraggio e appetito.
Episodio 11
Amica tecnologia
Fred e i suoi amici sono in visita alla Mannputer Tech, la più grande azienda di tecnologie computerizzate, ma c'è un problema: il robot Maggiordomo 3000 è inspiegabilmente fuori controllo.
Episodio 12
Alieni nel deserto
Dopo mostri, streghe, fantasmi e gargoyle non potevano certo mancare gli alieni: La gang di Scooby si trova per caso nei pressi della segretissima Area 51 e finisce nel mirino dell'esercito.
Episodio 13
Due fantasmi per un'eredità
Scooby Doo è citato nel testamento del Colonnello William Lutz, l'inventore dei bastoncini di carne secca, per avergli salvato la vita. Due spettri verdi cercano però di spaventare gli ospiti.
Episodio 14
Un Natale da paura
La gang si reca a Rockwellville per festeggiare il Natale, ma trovano la città assediata da uno pterodattilo.
Episodio 15
Lo spettro della cripta
Lo spettro di Stan Manolesta infesta una prigione ormai in disuso. Gli amici si offrono di aiutare il direttore per venire a capo di questo mistero, che riserva un'interessante sorpresa.
Episodio 16
Gremlin sull'aereo
La gang è invitata da Big Earl per collaudare l'Air Gigantica, l'aereo più grande al mondo. Durante il viaggio sono assaliti da un Gremlin.
Episodio 17
Tutta colpa dei burattini
Nella fabbrica dei Mago Snack si aggira un vero stregone che ha fatto scappare gli operai a gambe levate.
Episodio 18
Il mostro della palude
La gang si reca al ristorante di Pierre Bayou per assaggiare il peperoncino di fuoco, ma una volta arrivati lì scoprono l'esistenza del mostro della palude.
Episodio 19
Mistero sulla neve
Shaggy va sulla neve per la prima volta, e spera tanto in una vacanza tranquilla. Invece, lui e la gang dovranno fare i conti con un mostro di neve animato che spaventa i turisti.
Episodio 20
Problemi giganti
La gang va in Irlanda perché Daphne ha ereditato un castello. Il villaggio sembra però essere assediato da un gigante.
Episodio 21
Il mistero della fattoria
Mentre Velma ha una strana allergia, che si rivelerà esser causata dal fieno e da un altro materiale, la gang deve risolvere un mistero: un campo di mais infestato da uno spaventapasseri vivente, occasione in cui Fred cercherà di mostrare il suo coraggio alla campagnola Beth.
Episodio 22
La sposa fantasma
La gang ha a che fare con un altro mistero: l'attacco di una sposa fantasma orribile durante i preparativi per le nozze degli amici Nate e Kimmy.
Episodio 23
Il giorno dei defunti
La gang giunge in una città messicana per il Dia de Los Muertos e si troverà un'altra volta a risolvere un mistero, quello del fantasma El Bandito, di cui Fred sa tutto.
Episodio 24
Il clown svitato
La gang e il nipotino di Daphne, Wayne, vanno in un parco divertimenti ormai in rovina e infestato da un clown svitato, mentre Velma vuole superare la fobia dei clown.
Episodio 25
Campeggio con i vichinghi
La gang investiga su un attacco di tre fantasmi vichinghi in un bosco dove sono andati a fare campeggio e dove Daphne vuole diventare guardaparco.
Episodio 26
Il processo contro Fred
Fred si trova ad un processo in tribunale e viene accusato; inizia così un flashback in cui la gang investiga in una città abbandonata a causa di un incidente negli anni '50 provocato da un'industria chimica, mentre Daphne cerca di diventare avvocato tramite un videogame.
