Episodio 1
La creatura di ghiaccio
La "Mystery e Affini" è sulle montagne innevate per assistere a una gara di snowboard. Appena arrivati, però, vengono subito a sapere che una strana creatura ha già messo fuori gioco uno dei famosi partecipanti, così la squadra si mette subito all'opera. Ma fra la gamba rotta di Fred e il raffreddore di Velma, toccherà a Shaggy sfrecciare sulle piste.
Episodio 2
Tutti a caccia del dinosauro
La "Mystery e Affini" è in Costa Rica per assistere a una mostra di ossa di dinosauro al posto dello zio di Dhapne, però durante la proiezione di un documentario un vero tirannosauro esce dallo schermo, la squadra è pronta a catturarlo. Ma saranno circondati da personaggi molto singolari e di conseguenza da molti sospettati.
Episodio 3
Il finto alieno
La "Mystery e Affini" è a una gara scientifica a cui partecipa anche Velma. Un piccolo alieno però interrompe alla festa e impaurisce tutti gli scienziati e gli altri presenti, il gruppo è deciso a catturarlo. Ma pare che l'alieno viola cresca a vista d'occhio e sia destinato a diventare enorme.
Episodio 4
I fratelli fantasmi
La "Mystery e Affini" festeggia carnevale in una cittadina del New Orleans e scopre che due fantasmi del posto che spaventano i cittadini sono legati all'hotel in cui stanno, così la squadra è motivata a risolvere il mistero. Ma quando i due fantasmi rapiscono Dhapne le cose peggiorano.
Episodio 5
La Mystery Machine è posseduta
La "Mystery e Affini" si sta godendo una tranquilla serata in un caffè, quando Shaggy e Scooby li raggiungono raccontando che la Mystery Machine in totale autonomia li ha inseguiti dopo essere usciti dal cinema. Subito sono un po' scettici, ma dovranno presto affrontare la realtà e lunghe camminate.
Episodio 6
Rufus il mago
La "Mystery e Affini" va a Las Vegas per stare dietro le quinte di uno spettacolo grazie a un concorso vinto da Shaggy e Scooby. Appena arrivati Fred salva la vita a una pop star dal fantasma di un famoso mago, la squadra indaga. Ma non tutto è sempre come appare, soprattutto nell'illusionismo.
Episodio 7
Una giornata al luna park
La "Mystery e Affini" visita un parco di montagne russe per l'inaugurazione della nuova giostra di Scooby e Shaggy, ma si ritrova ad affrontare i disastri causati da un fantasma chiamato "Roller Ghoster", che sembra manomettere le attrazioni di tutto il parco.
Episodio 8
I bracconieri
La "Mystery e Affini" è in Africa per girare un documentario sugli animali. Subito non ne vedono, però dopo vengono attaccati da alcuni più feroci del dovuto e con uno strano colore fluo addosso, le indagini iniziano subito. Ma presto anche Scooby verrà coinvolto.
Episodio 9
Il mostro marino
La "Mystery e Affini" è in vacanza alle Hawaii. Mentre faceva surf Dhapne viene attaccata da un serpente di mare gigante, i ragazzi iniziano ad informarsi. Ma presto capiranno che per risolvere il caso dovranno immergersi più a fondo.
Episodio 10
Voglia di Natale
La "Mystery e Affini" arriva in una cittadina dove il Natale non viene festeggiato a causa di un pupazzo di neve senza testa che terrorizza gli abitanti. Così i giovani investigatori si mettono subito all'opera per risolvere il mistero.
Episodio 11
Giocattoli pericolosi
La "Mystery e Affini" è in un grande negozio di giocattoli per prendere un regalo di compleanno al cuginetto di Velma. Alcuni giochi erano stati eliminati dopo aver preso vita durante la notte e distrutto parte del negozio, la squadra indaga. Ma le cose vanno per le lunghe e finiscono per passare tutta la notte nel negozio.
Episodio 12
Il fantasma senza volto
La "Mystery e Affini" è a Hollywood per visitare il set di un film, però uno degli stantman lascia il set a causa delle minacce di un fantasma senza volto e così sarà la squadra a sostituirlo. Ma il fantasma colpirà anche loro.
Episodio 13
Un viaggio a Pompei
La "Mystery e Affini" è in vacanza in Italia quando viene a sapere di uno zombie gladiatore che spaventa i turisti aggirandosi tra le rovine della vecchia Pompei. La squadra gira per tutta l'Italia alla ricerca di risposte, ma pare che il Vesuvio non sia d'aiuto.
Episodio 14
Il re dei fuori campo
La "Mystery e Affini" è a una partita di baseball perché Fred ha vinto un concorso che gli permetterà di passare un'intera giornata con un famoso giocatore. Però il ragazzo parla loro delle minacce che gli sono state fatte dal fantasma dell'attuale detentore del record che spera di battere. La squadra finisce anche nelle rovine del vecchio stadio pur di aiutarlo. Ma alla fine non resterà che entrare in campo.
