Episodio 1
La chiamata del drago
Al suo arrivo a Camelot, dove è stato mandato dalla madre per iniziare una nuova vita, il giovane mago Merlino si ritrova in un luogo dove la magia è punita con la morte. Quando scopre il Grande Drago, però, il suo destino risulta chiaro: deve proteggere Artù, figlio di Uther e futuro Re.
Episodio 2
Valiant
Un cavaliere chiamato Valiant arriva alla corte per competere in un torneo di combattimento con la spada. Costui possiede uno scudo magico che causa molti danni ai suoi avversari, ma gli avvertimenti di Merlino nei suoi confronti rimangono inascoltati.
Episodio 3
Il segno di Nimueh
Camelot deve affrontare un doppio pericolo quando una piaga letale si diffonde per il castello e Gwen è arrestata per stregoneria. Merlino è costretto ad unirsi con Artù e Morgana per scoprire il colpevole di queste azioni criminose.
Episodio 4
Il calice avvelenato
Bayard e i cavalieri delle isole occidentali arrivano a Camelot per un banchetto e Nimueh si infiltra nel suo gruppo organizzando un complotto per vendicarsi di Merlino. Fingendosi una della servitù, fa bere Merlino da un calice avvelenato con l'inganno. Questi finisce per ammalarsi e l'unica sua speranza è che venga preparato un antidoto, ma i tentativi di Artù di trovare gli ingredienti sono ostacolati dalla stessa Nimueh.
Episodio 5
Lancillotto
Merlino viene salvato da un terrificante mostro alato da un giovane straniero di nome Lancillotto che sogna di diventare un cavaliere di Camelot. Per ringraziarlo, Merlino gli procura dei falsi documenti di nascita che ne attestano la nobiltà. Con il mostro, che si scopre essere un grifone, ancora in libertà, la decisione di Merlino può avere gravi conseguenze non solo per Lancillotto, ma per tutta Camelot.
Episodio 6
Un rimedio per curare tutti i mali
Quando Morgana si ammala, Gaius non è in grado di curarla. Per fortuna un misterioso medico di nome Edwin Muirden di farla guarire, ma Gaius si insospettisce del modo in cui l'uomo si fa strada incantando la corte.
Episodio 7
Le porte di Avalon
Artù e Merlino salvano una giovane donna e suo padre da una banda di briganti ed il giovane erede al trono si invaghisce della ragazza, di nome Sophia, offrendo loro rifugio a Camelot. Merlino, però, non è l'unico a sospettare dei nuovi arrivati ed anche Morgana ha un incubo riguardo la morte di Artù per mano di una giovane donna.
Episodio 8
L'inizio della fine
Quando un druido ed il suo apprendista vengono catturati a Camelot, Morgana e Merlino riescono a tenere nascosto il ragazzo dalle guardie di Uther, ma il druido viene giustiziato. Uther dichiara che chiunque nasconda il ragazza verrà trattato con severità, quindi i due cercano di far uscire il giovane dalla corte senza essere catturati. Intanto una visita al Grande Drago rivela che il giovane è Mordred, la futura nemesi di Artù.
Episodio 9
Excalibur
Il passato di Uther riaffiora per tormentarlo quando un misterioso cavaliere nero interrompe la festa per la maggiore età di Artù, sfidando i cavalieri di Camelot a duello. Il Cavaliere Nero sembra imbattibile e non ha difficoltà nel battere i suoi avversari, ma di chi si tratta realmente? e perchè Uther è così a disagio per il suo arrivo?
Episodio 10
Il momento della verità
Ealdor, il villaggio natale di Merlino viene attaccato da predatore condotti da Kanen, ma Uther non ha intenzione di intervenire, perchè il villaggio è fuori dai confini di Camelot e questo costituirebbe un atto di guerra. Merlino lascia così Camelot per aiutare a difendere la sua casa e sorprendentemente trova aiuto in Morgana, Gewn ed Artù. Una vecchia conoscenza di Merlino, però, lo costringe a compiere una scelta difficile: userà la magia per difendere il suo villaggio, rivelando così il suo segreto ad Artù?
Episodio 11
Il labirinto di Gedref
Quando Artù uccide un unicorno, attira una maledizione su Camelot. Con la città in preda alla carestia, c'è poco tempo per rimuovere la maledizione e la misteriora Anhora, custode dell'unicorno, dice ad Artù di essere lui il responsabile della carestia e per questo dovrà essere messo alla prova. Se Artù non riuscirà a fare ammenda per il suo atto, Camelot sarà condannata.
Episodio 12
Uccidere il re
Quando Tom, il padre di Gwen, aiuta un mago rinnegato a trasformare il piombo in oro, viene arrestato e deve affrontare un processo per stregoneria. Nonostante le richieste di Artù e Morgana, Uther è deciso: Tom deve essere processato e, se ritenuto colpevole, condannato a morte. Morgana aiuta così Tom a scappare, ma ne risulta una tragedia.
Episodio 13
La morte di Artù
Nel corso di una battuta di caccia, Artù incontra una gigantesca creatura mostruosa mai vista. Gaius capisce che si tratta di una Questing Beast, una creatura evocata dagli incubi di un Re morto da tempo, il cui morso è letale. Artù riesce a battere la creatura, ma viene morso e la sua vita resta in bilico. Il Drago dice a Merlin di cercare i membri di un vecchio culto che hanno il potere di salvare il futuro Re, ma c'è un prezzo da pagare: per salvare una vita, un'altra deve essere presa.
