Episodio 1
Apocrypha: La grande guerra del Santo Graal
Sono passati decenni dal furto del Graal Maggiore da Fuyuki. L'Associazione dei Mage chiede a Kairi Sisigou di partecipare alla Grande guerra del Sacro Graal.
Episodio 2
Il santo è partito
Il Governatore mette da parte i dubbi sulla sua strana convocazione e raggiunge il campo di battaglia a Trifas, in Romania per dirigere la Grande guerra del Sacro Graal.
Episodio 3
I primi passi di Fate
Un giovane omunculus cerca di fuggire dal contenitore in cui si è risvegliato. Proprio quando sta per perdere le forze, arriva il Rider Nero.
Episodio 4
La vita è un costo, la morte un rimborso
l Berserker Rosso si avvicina alla fortezza della Fazione Nera. La famiglia Yggdmillennia e i suoi Servitori ne approfittano per entrare in azione.
Episodio 5
Voci dall'alto
Saber Nero muore dopo aver donato il proprio cuore al giovane omunculus. Il Governatore giura di fare quanto in suo potere per garantirgli la libertà.
Episodio 6
Il cavaliere ribelle
L'Associazione dei Maghi è convinta che dietro ai terribili omicidi che terrorizzano la Romania ci possa essere un Servitore e manda Kairi a indagare.
Episodio 7
Dove giace la libertà
Fiore si scontra con Sisigou dopo aver raggiunto Sighișoara sulle tracce dell'Assassino dei Neri. Davanti al pericolo, qualcuno di familiare si mette al suo fianco.
Episodio 8
La guerra comincia
È una nuova fase della Grande guerra del Sacro Graal e le due Fazioni si scontrano senza esclusione di colpi. Il Governatore e Sieg si dirigono sul campo di battaglia.
Episodio 9
Cento fiamme e cento fiori
Mentre la battaglia imperversa, il Rider dei Rossi scopre l'identità dell'Arciere dei Neri ed è obbligato ad affrontare il suo Master di un tempo.
Episodio 10
Petali sparsi
Sieg affronta un nemico formidabile e protegge il Rider Nero che lo aveva salvato. Per quanto sia indebolito, a lui si unisce un ostinato Berserker Nero.
Episodio 11
Splendore eterno
Lo scontro tra il Lancer Rosso e quello Nero s'inasprisce, ma si giunge a una situazione di stallo. Darnic escogita un piano per ottenere ciò che vuole.
Episodio 12
Il ritorno trionfale del santo
Il Governatore e la Fazione Nera nei Giardini pensili si lanciano all'inseguimento della Fazione Rossa, che ora è in possesso del Graal Maggiore.
Episodio 13
L'ultimo master
Sieg ammette di non poter fare a meno di aiutare i suoi confratelli e il Rider Nero lo sostiene in pieno. Poi, però, arriva Celenike...
Episodio 14
Preghiera di salvezza
Nonostante Roche abbia una smisurata ammirazione per Avicebron, il Caster gli rivela i suoi motivi profondi per tradire la Fazione Nera.
Episodio 15
Percorsi divergenti
Fiore, ora a capo della famiglia Yggdmillennia, propone un attacco ai Giardini con Sisigou e altri per fermare Shiro.
Episodio 16
Jack lo Squartatore
Quando il misterioso Jack lo Squartatore ricomincia a uccidere, Fiore escogita un piano per intrappolare l'assassino.
Episodio 17
Träumerei
Mentre passeggiano in paese sperando di attirare Jack lo Squartatore, Sieg e Giovanna osservano gli abitanti e discutono su cosa voglia dire essere umani.
Episodio 18
Dall'inferno
Spinta nel sogno di Jack lo Squartatore, un incubo pieno di bambini smarriti e abbandonati, Giovanna prende la decisione fatidica di dare riposo alle anime perdute.
Episodio 19
L'ultima alba
I Giardini pensili sono quasi fuori portata, mentre la possibilità di una battaglia finale si avvicina velocemente. Caules spinge Fiore a prendere una decisione.
Episodio 20
Solcando i cieli
L'alleanza Yggdmillennia finisce i preparativi prima di dirigersi verso i Giardini pensili. Giovanna ricorda a Sieg del potere che si nasconde dentro di lui.
Episodio 21
La freccia di Astares
Chirone si batte contro Achille, il suo ex discepolo, in una lotta a mani nude. Mentre attacca i Giardini pensili insieme ad Astolfo, Sieg prende una decisione fatidica.
Episodio 22
Riunione e separazione
Atalante è folle dalla rabbia e non può perdonare Ruler per ciò che ha fatto ai bambini di Jack lo Squartatore. Così decide di sfidarla in una battaglia fino alla morte.
Episodio 23
Verso l'orizzonte
Un attacco da parte di Semiramide ferisce gravemente Kairi e Mordred. Giovanna inizia un doloroso viaggio attraverso il proprio passato, guidata da Shakespeare.
Episodio 24
La guerra del Grande Graal
Shiro dichiara di aver ottenuto il Terzo Incantesimo e che ora è in grado di "salvare il mondo". Giovanna, però, è fermamente convinta che si sbagli.
Episodio 25
Apocrypha
Shiro e Semiramide fanno pace con se stessi mentre il loro mondo crolla. Nel tentativo di cambiare il destino, il giovane Sieg prende una decisione sconvolgente.
