Episodio 1
Prima Puntata (1943-1959)
Palermo, 15 gennaio 1993, il superboss di Cosa nostra Salvatore Riina è stato catturato dopo 23 anni di latitanza, ed in carcere riceve la visita di un uomo, il suo amico d'infanzia Biagio Schirò che lo spinge a ricordare il loro passato.
Episodio 2
Seconda puntata (1963–1969)
Il clan corleonese al completo (Luciano Liggio, Totò Riina, Bernardo Provenzano, Calogero Bagarella e Luciano Maino) si prepara per andare a Palermo per una "parlata d'affari" con Salvatore La Barbera e Vito Ciancimino. Intanto in paese, Totò frequenta spesso Ninetta Bagarella, sorella minore di Calogero.
Episodio 3
Terza puntata (1969–1978)
Biagio e Teresa, ormai sposati, hanno appena avuto un bambino (Antonio). Intanto a Palermo Riina ed i suoi compagni si recano negli uffici di Michele Cavataio, che in precedenza aveva eliminato Salvatore La Barbera, allo scopo di ucciderlo; il commando è composto dallo stesso Totò Riina, Bernardo Provenzano, Calogero Bagarella ed altri due uomini della famiglia di Tano Badalamenti, boss di Cinisi, tutti travestiti da militari della Guardia di Finanza.
Episodio 4
Quarta puntata (1979–1981)
Troviamo da una parte Schirò e il commissario Boris Giuliano con i suoi uomini che vanno all'aeroporto di Punta Raisi di Palermo per arrestare dei chimici francesi, giunti in Sicilia per insegnare a Francesco Marino Mannoia (chimico della famiglia Bontate) a tagliare la droga, e dall'altra parte una riunione tra i più grandi boss mafiosi. Appena la polizia arriva all'aeroporto, il commissario Giuliano riceve una telefonata nella quale gli viene riferito che non è possibile arrestare i due francesi per mancanza di prove.
Episodio 5
Quinta puntata (1982-1987)
La quinta puntata inizia con Pio La Torre, segretario regionale comunista, che da una parte fa un dibattito a Corleone per impedire la costruzione di una base militare a Comiso e dall'altra parte con la Commissione riunita. Nella commissione vi è un certo Apuzzo, un carissimo amico di Tommaso Buscetta che finge di essere fedele a Totò Riina.
Episodio 6
Sesta puntata (1988-1993)
Palermo. Fine anni ottanta. Riina tuona che in Sicila a dominare sono i corleonesi, e, tramite Ciancimino invia allo Stato nella persona del capitano Li Donni un “papiello”, con le sue condizioni per per porre fine alle stragi. Ciancimino, però, fa capire al capitano che i Corleonesi non sono più una famiglia unita. Subito dopo nei pressi di Novara, durante un apparente controllo di routine, viene fermato a un posto di blocco un uomo con una pistola nel cruscotto. E' Balduccio Di Maggio, un soldato di Riina: vuole parlare. Poco tempo dopo, Riina viene arrestato dagli uomini del capitano Ultimo. Nella caserma, il vecchio padrino nega la sua identità. Afferma di chiamarsi Giuseppe Bellomo. Ci sono difficoltà per l'identificazione, le foto in possesso dei Carabinieri risalgono al 48, le impronte digitali presso l'Ucciardone sono sparite.
