Episodio 1
Un nuovo arrivo
Passato circa un anno dall'invasione Thanagariana, la Justice League si è espansa reclutando circa trenta altri membri e ricostruendo una "Torre di controllo" venti volte più grande. L'ultimo membro ad essere reclutato è il contestatore Freccia Verde, il quale è spinto a declinare l'invito ritenendo che la lega non abbia bisogno di un eroe come lui, privo di superpoteri, tuttavia il suo senso dell'onore lo spinge a partecipare ad una missione in Corea assieme a Lanterna Verde, Supergirl e Capitan Atom per fermare un gigantesco robot nucleare. Nonostante ciò ritiene comunque di non volersi arruolare nella lega, cambiando idea solo dopo aver visto la bella Black Canary.
Episodio 2
Per un uomo che ha già tutto
Batman e Wonder Woman fanno visita a Superman nella sua fortezza della solitudine, tuttavia lo trovano catturato dal perfido Mongul, il quale lo ha attaccato ad un simbionte alieno che gli sta succhiando la vita lentamente mostrandogli le immagini di una sua vita felice ed idilliaca su Krypton.
Episodio 3
Storie di bimbi
Mordred prende il potere della madre ed esilia ogni adulto dalla realtà spedendoli in una dimensione di nulla assoluto; Morgana allora offre alla lega la possibilità di tornare nella realtà per sventare i piani del figlio tramutandoli in bambini di otto anni. Una Justice league infantile nell'aspetto e nel comportamento si trova dunque a dover sventare la presa di potere del giovane stregone. La comicità dell'episodio è data dalla cotta di Wonder Girl per Batboy che la ignora (esattamente come da adulti) e dal fatto che Etrigan sia un neonato.
Episodio 4
Il falco e la colomba
Wonder Woman collabora con i fratelli supereroi Hawk e Dove per sventare i piani di Ares, il quale servendosi di una macchina da guerra senziente mira a far scoppiare una guerra in centro Europa.
Episodio 5
Piccolo Maialino
La strega millenaria Circe, trasforma Wonder Woman in un maialino per ripicca contro sua madre Hyppolita. Batman lavora dunque in coppia con la vecchia fiamma Zatanna per trovare la strega e riportare l'amazzone alla normalità; riuscitici Circe impone come prezzo per ridare fattezze umane a Diana che Batman canti per lei nel suo nightclub. È famosa in questo episodio la scena in cui Batman canta Am'I Blue? di fronte a un pubblico entusiasta e le due maghe commosse.
Episodio 6
Simmetria spaventosa
Freccia Verde, Supergirl e The Question indagano sui misteriosi incubi della kryptoniana, arrivando così a scoprire che il Progetto Cadmus ha realizzato un clone della ragazza, invecchiato artificialmente fino all'età adulta chiamato Galatea (visibilmente ispirata a Power Girl).
Episodio 7
Una grande storia
La Justice league si raccoglie al completo per affrontare una minaccia apocalittica. Ma l'episodio non parla di questo, è solo la cornice; difatti mentre la battaglia avviene, Booster Gold, supereroe commerciale e poco considerato volutamente lasciato indietro dagli altri membri della lega, salverà un'équipe di scienziati da un loro progetto tramutatosi in buco nero, dimostrando così di essere un vero eroe.
Episodio 8
Il ritorno
Lex Luthor viene rilasciato di prigione su condizionale; in quel momento però fa ritorno sulla terra Amazo, giunto per interrogare il miliardario sulla grandezza e sul destino.
Episodio 9
Ultimatum
La Justice League fa la conoscenza di un gruppo di supereroi molto popolare di nome Ultimates, che sono al servizio del governo USA. Essi tuttavia scoprono di essere stati creati artificialmente ed in grande scala per essere continuamente rimpiazzati, avendo un ciclo vitale di pochi giorni; sconvolti si ribellano ai propri creatori e la Lega tenta di riportarli alla ragione. L'episodio è un tributo a I superamici, difatti tra gli Ultimates ci sono molti personaggi originari dello show.
Episodio 10
Cuore scuro
La lega affronta l'invasione di un gruppo di Nanobot alieni; essi tuttavia si rivelano in grado di autoripararsi e non possono dunque essere semplicemente distrutti, tocca quindi a Atom trovare il modo di fermarli.
Episodio 11
Il risveglio
Un gruppo di studenti universitari tramite un incantesimo effettuato quasi per gioco finisce per resuscitare Solomon Groundy dalla morte, più potente di prima ma privo di ricordi ed incapace di ragionare. Mentre il mostro semina il panico in città, Shayera decide di tornare ad impugnare la Mazza e prendersi la responsabilità del suo vecchio amico; dunque torna a fare i conti con un mondo ostile che la disprezza dopo aver passato l'ultimo anno a meditare nella torre invisibile del Dottor Fate; dopo averlo combattuto, Shayera sarà costretta ad uccidere l'amico per farlo smettere di soffrire, Superman, colpito dal suo gesto la perdonerà e le offrirà la possibilità di tornare tra i membri fondatori della Lega, Shayera scoprendo che anche tra gli uomini c'è qualcuno che crede ancora in lei, accetta.
Episodio 12
Ritorno al passato
Batman, Wonder Woman e Lanterna Verde seguono Chronos in un viaggio nel tempo, trovandosi così nel vecchio West a collaborare con gli eroi DC di quell'epoca per far fronte ad un gruppo di banditi che grazie a Chronos (il quale sta disgregando il tempo provocandovi paradossi) sono dotati di armi ipertecnologiche; dopo la sconfitta dei briganti i tre seguono nuovamente Chronos, stavolta nel futuro, dove incontrano la Justice League del 2041, e si scopre che Warhawk (comparso in Batman Beyond) altri non è che il futuro figlio di John Stewart e Shayera Hol.
Episodio 13
Ritorno al futuro
Batman, Wonder Woman e Lanterna Verde si trovano nella Gotham City di Batman Beyond e collaborano con Terry McGinnis (il nuovo Batman) e la Justice League del futuro (o meglio i reduci dopo che Chronos è arrivato in quell'epoca uccidendone gli eroi) per contrastare la minaccia del cronauta e dei Jokers; Il gruppo riesce ad intrappolare Chronos nel tempo e riportare l'universo alla sua normalità. L'episodio è un omaggio al crossover DC Crisi sulle terre infinite.
