Episodio 1
La notte della Lucertola
Spider-Man scopre che il suo insegnante di scienze, il dottor Curt Connors, è stato trasformato in una lucertola squilibrata a causa di un esperimento andato storto e sta rapendo persone in tutta Manhattan.
Episodio 2
Vogliono uccidere l'Uomo Ragno
Norman Osborn assume Spencer Smythe per catturare Spider-Man. Smythe crea la sua arma più letale, l'Ammazzaragni, per raggiungere questo obiettivo. Sembra che Smythe muoia alla fine del episodio a causa di un'esplosione.
Episodio 3
La Vedova Nera
Kingpin si offre di fornire ad Alistair Smythe i fondi necessari per costruire più robot Ammazzaragni di Spencer, sostenendo che Spider-Man è responsabile della morte di suo padre. Smythe non riesce a uccidere Spider-Man e gli altri che ritiene responsabili della morte di suo padre e, di conseguenza, Kingpin lo fa lavorare per lui fino a quando non ucciderà Spider-Man.
Episodio 4
Il dottor Octopus
Durante un appuntamento con Peter la bella Felicia Hardy viene rapita dal Doctor Octopus. Lo scopo di costui è costringere la madre della ragazza a fornirgli i soldi con cui finanziare i suoi esperimenti. Complicando le cose, Peter riconosce il folle come l'idolo della sua infanzia.
Episodio 5
La minaccia di Mysterio
J. Jonah Jameson e molti altri credono che Spider-Man sia responsabile delle rapine che si sono verificate di recente. Peter decide quindi di cercare indizi per provare che queste rapine sono state causate da un impostore di Spider-Man. Fa squadra con il detective Ten. Terry Lee alla ricerca di indizi e affronta Mysterio, un autoproclamato maestro delle arti mistiche.
Episodio 6
Il pungiglione dello Scorpione
Mac Gargan, un piccolo truffatore ingaggiato da J. Jonah Jameson per seguire Peter Parker e scoprire come è in grado di scattare foto di Spider-Man, sigla un accordo con Jameson per eliminare Spider-Man. Gargan viene portato nel laboratorio del dottor Farley Stillwell, dove viene trasformato nel super cattivo Scorpione.
Episodio 7
Kraven il cacciatore
Peter Parker ha un'intervista con una scienziata di nome Mariah Crawford ma una volta nel suo ufficio ella viene attaccata dal malvagio Kraven il Cacciatore se nonché indossando i panni di Spider-Man il pavido Parker riesce a salvarla. A tal punto ella spiega che lei e Kraven erano innamorati e che quando egli rimase gravemente ferito da un attacco di leoni Mariah si vide costretta a salvargli la vita attraverso il Calypso Serum ovvero un farmaco lasciatole da un suo ex associato. Esso curò tutte le ferite di Kraven, ma lo trasformò poi in un folle superumano.
Episodio 8
Il costume alieno (1ª parte)
John Jameson e il compagno astronauta Paul Stevens vengono inviati su un asteroide appena scoperto dove trovano una roccia, nota come "Promethium X", che si dice sia più potente del plutonio. A loro insaputa, tuttavia, il "Promethium X" contiene anche una creatura nera, simile a una melma, che riesce a liberarsi e cerca di consumare i due astronauti.
Episodio 9
Il costume alieno (2ª parte)
Peter scopre che i suoi poteri sono stati potenziati dal suo nuovo completo, capace fra l'altro di cambiare forma in altri vestiti e creare la propria ragnatela. Focalizza la sua attenzione su Eddie Brock e Jonah Jameson e avverte Jameson di annullare la sua ricompensa, citando anche Rhino e come Brock ha trascurato di menzionarlo. Jonah così dopo essere andato a trovare suo figlio in ospedale scopre da costui che Brock gli ha mentito e per tal motivo lo licenzia. Inoltre ritira la sua taglia su Spider-Man.
Episodio 10
Il costume alieno (3ª parte)
Peter, tornato al suo vecchio costume, si imbatte presto in Rhino e Shocker, che riescono a prendere il sopravvento su di lui. Tuttavia, arriva un "alleato" sconosciuto che sconfigge i due criminali. Costui si rivela essere Eddie Brock, che legatosi al costumr simbiotIco di Peter e autonominatosi Venom vuole vendicarsi di Spider-Man.
Episodio 11
Hobgoblin il terribile (1ª parte)
Norman Osborn assume l'Hobgoblin per assassinare Wilson Fisk, noto anche come Kingpin, a causa delle continue minacce del signore del crimine contro di lui. Peter Parker salva Fisk proprio mentre l'Hobgoblin tenta un attacco contro di lui. Dopo essere sfuggito a Spider-Man, l'Hobgoblin viene licenziato da Norman a causa del suo omicidio senza
Episodio 12
Hobgoblin il terribile (2ª parte)
Hobgoblin sconfigge Kingpin e si dichiara il nuovo Kingpin del crimine. Fisk, dopo essere riuscito a fuggire da Goblin, chiede a Norman Osborn di aiutarlo a rivendicare la sua posizione.
Episodio 13
Il giorno del Camaleonte
Il Camaleonte, una spia internazionale, tenta di assassinare due diplomatici per far deragliare la firma di una proposta di pace. Il regista di S.H.I.E.L.D. Nick Fury arruola l'aiuto di J. Jonah Jameson per prevenire il crimine del camaleonte, e Spider-Man inizia la sua caccia contro l'assassino.
