Episodio 1
Il ritorno dei Digimon
Episodio 2
Domatori di Digimon
Takato fa entrare di nascosto Guilmon a casa sua mentre, nel frattempo, Rika, una Domatrice di Digimon, e la sua Digimon, Renamon, sconfiggono facilmente un Goblimon. Takato deve lasciare Guilmon da solo mentre è a scuola, ma Guilmon lo segue e scatena il caos nella scuola. Takato incontra Henry ed il suo Digimon Terriermon ed inizia a credere di non essere degno di aver ricevuto Guilmon. Mentre cerca un posto in cui Guilmon possa nascondersi, Takato ed il suo Digimon vengono attaccati da Rika e Renamon.
Episodio 3
Un combattimento inutile
Henry e Terriermon interrompono il combattimento tra Guilmon e Renamon e Takato trova un perfetto nascondiglio per Guilmon quando lui è costretto ad assentarsi. In seguito Guilmon e Renamon riprendono la loro lotta, ma Terriermon, nel tentativo di fermarli ancora, viene colpito da un attacco. Digievolve quindi in Gargomon, ma, troppo saturo d'energia, non riesce a controllare i propri poteri e solo l'intervento di Guilmon gli impedisce di ferire gravemente Rika.
Episodio 4
Un nemico per Terriermon
Gargomon riesce a regredire nuovamente in Terriermon ed Henry riflette sulla distruzione di Digimon veri, viventi, dopo aver parlato con Rika. Ricorda quindi come entrò in possesso del suo Digivice. Il giorno successivo i due sono costretti a dare battaglia a Gorillamon, un Digimon che spesso popola gli incubi di Henry. Terriermon riesce infine a sconfiggere Gorillamon, ma Henry gli impedisce di assorbirne i dati.
Episodio 5
Un Domatore per Calumon
Calumon guarda i ragazzi della scuola di Takato giocare a calcio e desidera di essere un giocatore di calcio veramente bravo. Convince quindi Guilmon ad uscire dal suo nascondiglio e a giocare con lui. Mentre i due sono a scuola, compare un campo digitale dal quale fuoriesce un Vilemon, il quale li attacca. Rika e Renamon li salvano, ma Rika continua a credere che i Digimon siano solo dati e che siano fatti per combattere.
Episodio 6
Renamon digievolve
Rika è furiosa con sua madre e anche con Renamon per non essere riuscita a digievolvere durante il combattimento con Allomon, ricevendo aiuto da Guilmon e Terriermon. Renamon si allontana ed incontra Impmon, che cerca di convincerla del fatto che lei non abbia bisogno di un essere umano per diventare più forte. Subito dopo appare un Dokugumon e Renamon viene ferita gravemente. Rika si preoccupa per lei e ciò la fa digievolvere in Kyubimon, la quale riesce poi a sconfiggere Dokugumon con un solo colpo.
Episodio 7
Guilmon in pericolo
Guilmon svanisce in seguito ad un esperimento. Preoccupati per i loro Digimon, Henry e Rika si uniscono a Takato nella sua missione di liberare Guilmon, senza l'aiuto di Terriermon e Renamon.
Episodio 8
Guilmon digievolve
Impmon si diverte a spaventare le coppiette appartate al parco durante la notte, ma Takato sospetta che sia Guilmon a causare questi fastidi. Impmon fa uscire Guilmon dal suo nascondiglio e quando Takato non lo trova lì sospetta ancora di più di lui. Quando Guilmon torna, ignaro di tutto ciò che sia successo, dice a Takato di aver spaventato una coppia, causando la rabbia del suo Domatore. Successivamente, appare un Devidramon e Guilmon viene coinvolto in un combattimento. Renamon si rifiuta di unirsi alla battaglia poiché è una questione tra Guilmon e Devidramon. Takato perdona Guilmon dopo aver scoperto di Impmon e Guilmon digievolve in Growlmon, distruggendo Devidramon.
Episodio 9
Un nascondiglio per Growlmon
Dopo la battaglia con Devidramon, Takato prova a far regredire Growlmon in Guilmon per riportarlo al suo nascondiglio, ma senza successo. Quando inizia a piovere, Takato dispera di riavere nuovamente il suo vecchio amico indietro. Tuttavia, quando smette di piovere, Growlmon regredisce in Guilmon mentre guarda l'arcobaleno.
Episodio 10
L'orgoglio di Rika
Rika si accorge di essere seguita da uno strano essere e si spaventa. Non volendo ammettere la sua paura, rifiuta l'aiuto che Renamon le offre per proteggerla e Renamon ci resta male per le parole dettele da Rika. IceDevimon cattura Rika e le si offre come suo nuovo Digimon partner, ma la ragazza rifiuta. Renamon digievolve in Kyubimon, ma non riesce a fermarlo. Guilmon si unisce alla lotta e distrugge IceDevimon grazie ad una brillante combinazione di carte di Takato. Dopo la battaglia, Rika è ancora spaventata e grida tra le lacrime di odiare tutti i Digimon, facendo scappare via Kyubimon.
Episodio 11
Combo, la tecnica combinata
Un Musyamon attacca Henry e Takato presto giunge ad aiutare l'amico. Tuttavia, Guilmon non riesce a vincere questa battaglia da solo, così Henry deve combattere tormentato dai suoi pensieri al riguardo della Digievoluzione di Terriermon, poiché il suo Digimon l'ultima volta non era stato in grado di controllare il potere di Gargomon. Improvvisamente una bambina si ritrova in pericolo, Henry supera le sue paure e fa digievolvere Terriermon in Gargomon. Il Digimon questa volta riesce a controllarsi perfettamente e distrugge Musyamon. Henry infine capisce che ci sono alcune battaglie impossibili da evitare.
Episodio 12
Un legame in crisi
Rika e Renamon riflettono sul fatto di non essere necessarie l'una all'altra. Improvvisamente, Renamon viene attaccata da tre Flybeemon appena bioemersi. Riesce a sconfiggere i suoi nemici, seppure con difficoltà, ma successivamente viene attaccata da Harpymon ed è sul punto di perdere. Renamon sta per essere distrutta, ma Rika colpisce Harpymon, facendo poi digievolvere Renamon in Kyubimon. Kyubimon sconfigge facilmente Harpymon ma non assorbe i suoi dati. Alla fine del combattimento, Kyubimon e Rika si scusano a vicenda.
Episodio 13
Di padre in figlio
Takato e Guilmon stanno per sconfiggere un DarkRizamon quando Yamaki arriva e lo cattura. Tornato a Hypnos, lui ed i suoi sottoposti scannerizzano i dati del Digimon, distruggendolo, ma ora consapevoli di cosa siano fatti i Digimon. Grazie a questa nuova conoscenza, Yamaki si prepara a lanciare il pericoloso programma Shaggai per eliminare i Digimon di tutto il mondo.
Episodio 14
Evoluzione del Domatore
Quando uno strano Digimon tigre di livello evoluto attacca la città, i Domatori iniziano a combatterlo. Tuttavia, questo si rivela troppo forte sia per Rika che per Henry. Takato usa il potere di una carta blu per permettere a Growlmon di digievolvere anche lui al suo livello evoluto: WarGrowlmon. Ciò avviene dopo una conversazione mentale tra Takato e Growlmon in cui Growlmon dice a Takato, dopo che quest'ultimo si era messo in dubbio, che lui è assolutamente degno di essere un Domatore. WarGrowlmon sconfigge e distrugge facilmente la tigre, Mihiramon. Inoltre, Kazu, Kenta e Jeri assistono alla battaglia e sono impressionati dalle azioni di Takato.
Episodio 15
Arriva Sandiramon
Takato è depresso perché Henry e Rika hanno impegni precedenti e non possono pattugliare la città con lui, ma si sente meglio quando va a giocare con Guilmon ed i suoi compagni di scuola. Ma presto il Digimon Deva serpente attacca, costringendo Henry e Rika a combatterlo da soli, finché Impmon non aiuta i ragazzi e dice a Takato della battaglia in corso. Guilmon e Takato si uniscono quindi alla battaglia, con Guilmon che presto digievolve Growlmon. Dopo una breve battaglia, Growlmon ferisce a morte il serpente, Sandiramon con una PiroMeteora particolarmente potente, ma Sandiramon avverte che ci sono altri dieci Deva che stanno per giungere nel mondo reale, prima di soccombere a causa delle sue ferite e morire.
Episodio 16
Al campeggio con i Digimon
Durante un viaggio di gita scolastica Takato, Guilmon, Henry, Terriermon e Calumon passano un po' di tempo a rilassarsi e a divertirsi. Anche Impmon si unisce a loro e si diverte. Improvvisamente, una serie di black out fa insospettire il gruppo. In realtà è un Deva gallo, Sinduramon ad assorbire l'elettricità e ad assorbirla per aumentare il suo potere. Sinduramon si dirige verso la centrale elettrica per accumulare più energia, ma non può nulla contro la forza combinata di Gargomon e Growlmon e viene sconfitto da quest'ultimo, che lo colpisce e lo fa finire nell'acqua, facendolo rimanere folgorato dalla sua stessa elettricità.
Episodio 17
Rivelazioni dal passato
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Episodio 18
La scelta di Renamon
Rika vive un momento difficile con sua madre, che fa fare alla ragazza un servizio fotografico con lei. Nel frattempo, Renamon si comporta molto freddamente e Rika scopre che ciò è dovuto ad un incontro che il Digimon deve avere con Vajramon, che è apparentemente sopravvissuto all'ultima battaglia con i Domatori. Quando Renamon rivela di stare solamente usando Vajramon per ottenere informazioni, il Deva si infuria e ne segue una seconda battaglia contro i Digimon dei Domatori. Vajramon si rivela molto forte, ma alla fine il ritrovato legame tra Rika e Renamon permette a Kyubimon di matrixdigievolvere Taomon e di distruggere Vajramon.
Episodio 19
La sfida di Impmon
Impmon dice di odiare tutti gli esseri umani per coprire le sue stesse insicurezze. Mentre i Domatori si preparano a combattere il nuovo Deva apparso in città, Indramon, Impmon, irritato dai modi e dalle prese in giro del Deva, decide di combatterlo da solo. Tuttavia, il Digimon perde e viene quasi ucciso.
Episodio 20
La forza della volontà
Impmon viene sconfitto da Indramon; il Deva sembra poi autodistruggersi volontariamente. Il signor Wong viene introdotto al programma Shaggai da Yamaki e gli viene chiesto aiuto per distruggere i Digimon. Indramon si materializza nuovamente ed i Domatori iniziano a combatterlo. I Domatori non possono nulla contro il Digimon, che non viene nemmeno sfiorato dai loro attacchi e da quelli dei militari. Con una mossa disperata, Takato prova ad usare la carta blu che il suo amico Kazu ha disegnato per lui e, incredibilmente, Growlmon riesce nuovamente a matrixdigievolvere WarGrowlmon. WarGrowlmon distrugge facilmente Indramon, rendendo Kazu molto contento e soddisfatto di sé stesso.
Episodio 21
Jeri e Leomon
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Episodio 22
Attivate Shaggai
Una serie di terremoti sta disturbando la città. I ragazzi si incontrano al nascondiglio di Jeri e, mentre Rika aiuta Jeri ad imparare qualcosa sulle carte Digimon, Henry mostra a tutti che i Deva sono conformati agli animali dell'oroscopo cinese. Uno strano ragazzo che tiene d'occhio segretamente Calumon esce improvvisamente allo scoperto ed i ragazzi lo rincorrono. Quando il Deva maiale - Vikaralamon - appare in città, Yamaki perde le staffe di nuovo ed avvia il programma Shaggai nonostante le proteste del padre di Henry, preoccupato per i Digimon dei Domatori. I Domatori ed i loro Digimon rintracciano Vikaralamon ma, anche dopo che i Digimon sono digievoluti ai rispettivi livelli campione, non sono per niente in grado di arrecare danni al Deva. Desiderando un aiuto, i Domatori scoprono che se desiderano proteggere gli altri sono in grado di matrixdigievolvere.
Episodio 23
Il rapimento di Calumon
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Episodio 24
Si parte per Digiworld
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Episodio 25
Sulle tracce di Calumon
Una volta che il gruppo è entrato a Digiworld, Rika individua subito in lontananza delle "antenne" e spera che Calumon sia lì. Il gruppo si muove quindi alla ricerca di Calumon, ma quando si avvicinano alle presunte antenne scoprono che si tratta solo di rocce. Proprio in quel momento Meramon li attacca, ma dopo essere stato sconfitto viene travolto da un branco di Jagamon ed ucciso. Il gruppo viene separato: Takato, Guilmon, Henry, Terriermon, Jeri e Leomon da una parte, Rika, Renamon, Kazu e Kenta dall'altra. Nel frattempo, anche Calumon e Makuramon vengono separati.
Episodio 26
Babamon e Jijimon
A causa di una forte tempesta di vento, Kazu e Kenta finiscono nella casa di Jijimon e Babamon insieme a Rika e Renamon e sognano di diventare i domatori dei due Digimon di livello mega.
Episodio 27
Una moto misteriosa
Takato e gli altri finiscono in un villaggio di MudFrigimon mentre sono sotto attacco di una motocicletta senza guidatore. Durante questi avvenimenti, Impmon, ora anch'egli nel mondo digitale, incontra un Deva, Caturamon che gli dice che può aiutarlo a digievolvere. Viene rivelato che il nome della moto è Behemoth e che possiede chiunque le salga sopra, compreso un Choromon, in quel momento posseduto. Guilmon riesce a spingere il Digimon giù dalla moto, ma per farlo viene posseduto lui stesso. Alla fine Leomon salva Guilmon e Behemoth cade in un lago di lava vicino al villaggio, ma ne riemerge con a bordo, come suo guidatore legittimo, Beelzemon, appena evoluto da Impmon.
Episodio 28
Un leggendario Digimon Tamer
Il secondo gruppo precipita in una strana dimensione piena di orologi ed ingranaggi. Dopo essere stati attaccati da un Megadramon, i ragazzi incontrano Ryo, un domatore leggendario che una volta batté anche Rika in un torneo.
Episodio 29
Il castello abbandonato
I due gruppi si rincontrano e Ryo viene presentato al resto del gruppo. Nel frattempo Rika, ferita nell'orgoglio e furiosa, si allontana dal gruppo con Renamon al seguito. Alla fine il gruppo si fa un'idea di dove potrebbe essere Calumon, ma si imbatte in Makuramon e nel Deva drago, Majiramon. Cyberdramon, il Digimon di Ryo, distrugge Majiramon e Ryo lascia il gruppo.
Episodio 30
Un breve ricongiungimento
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Episodio 31
Il momento di Kazu
Il gruppo incontra un Andromon che sta provando a sconfiggere un Orochimon per liberare i suoi schiavi Gekomon. Andromon, dopo aver perso troppa energia, regredisce in Guardromon e Orochimon rapisce Jeri affinché la ragazza gli serva per sempre il sakè procuratogli dai Gekomon. Kazu diventa amico di Guardromon e lo salva facendosi dare dai Gekomon del sakè per lenire le sue ferite, quindi i due mettono a punto un piano di salvataggio per Jeri. Il gruppo riesce a raggiungere Orochimon senza problemi, ma questo è troppo forte per Guilmon, Renamon, Leomon e Guardromon. Grazie all'incoraggiamento ricevuto da Rika, Jeri effettua la sua prima Digimodifica e, grazie ad essa, Leomon riesce a distruggere Orochimon. Grazie alla sua nuova amicizia con Guardromon, Kazu diventa un Domatore con Guardromon come suo Digimon partner, lasciando tutti di stucco.
Episodio 32
Le verità di Mizuno
Takato, Henry e Terriermon apprendono da Gorou "Shibumi" Mizuno, la cui coscienza è stata proiettata a Digiworld, diversi segreti di Digiworld. I tre vengono a sapere dell'Arca, dell'esistenza e del significato dei Digignomi, del segreto delle carte blu, del segreto della nascita di Guilmon e delle ragioni dietro il comportamento dei Digimon Supremi.
Episodio 33
Suzie a Digiworld
La sorellina di Henry, Suzie Wong, viene misteriosamente trasportata a Digiworld ed incontra Antylamon, il Deva coniglio. Mentre le due diventano amiche, Takato, Henry e Terriermon rintracciano Suzie. Makuramon attacca Suzie, ma Antylamon contrattacca per proteggere la sua nuova amica proprio mentre arrivano Takato, Henry e Terriermon. In seguito alla loro nuova amicizia, Suzie diventa la Domatrice di Antylamon, cosa che sciocca il resto del gruppo poiché ora Suzie è la Domatrice di un Deva. Come punizione per le sue azioni, il Digimon Supremo Zhuqiaomon la fa regredire al suo livello intermedio, Lopmon.
Episodio 34
Il destino di Leomon
Quando il gruppo finalmente si riunisce, i suoi componenti vengono velocemente attaccati da Beelzemon, che non si fa convincere dai ragazzi a redimersi. Uccide infatti Leomon ed assorbe i suoi dati, provando ad eliminare anche Rapidmon e Taomon poco dopo, ma non riuscendoci grazie alla Carta del Clone prontamente usata da Henry e Rika. Furioso per la morte di Leomon, Takato costringe Guilmon a digievolvere alla sua forma di livello mega, ma qualcosa va storto.
Episodio 35
L'arrivo di Gallantmon
Con lo sfortunato aiuto della Digievoluzione del Male, Guilmon digievolve in Megidramon, mentre il D-Arc di Takato va in mille pezzi. Megidramon combatte contro Beelzemon e quasi lo uccide, ma Makuramon arriva e rinfaccia a Beelzemon l'inutilità della sua Digievoluzione. Beelzemon uccide quindi Makuramon e, assorbendone i dati, diventa più forte e si libera dalla stretta di Megidramon. Beelzemon colpisce Megidramon al suo punto debole, il petto, facendolo regredire in Guilmon. Takato cerca di superare il profondo dolore a cui è andato incontro e riafferma la sua amicizia con Guilmon. Dopo aver desiderato di poter combattere insieme, Takato e Guilmon effettuano la Biodigievoluzione e diventano Gallantmon.
Episodio 36
Gallantmon sfida Beelzemon
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Episodio 37
Lo scontro con Zhuqiaomon
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Episodio 38
Nemici e catalizzatori
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Episodio 39
Lotta contro il destino
Mentre il gruppo cerca di salvare Calumon dal D-Reaper, Ryo e Cyberdramon tornano in gruppo dopo aver assistito al combattimento di Baihumon, assistito da Ebonwumon, proprio contro il D-Reaper. Rika, innervosita dalla presenza di Ryo, cerca di fare tutto da sola e trova Calumon. Tuttavia, quando le cose si mettono male per il gruppo, Rika decide di fare tutto ciò che le è possibile per proteggere i suoi amici, perfino sacrificarsi, e questi sentimenti consentono la Biodigievoluzione tra lei e Renamon, che divengono Sakuyamon. Sakuyamon salva tutti dal D-Reaper e li riporta in superficie.
Episodio 40
L'arca dei Pionieri Digitali
Calumon aiuta ogni Digimon presente a Digiworld (tranne i Digimon dei Domatori) a digievolvere al livello mega per poter combattere il vero nemico: il D-Reaper. Nel frattempo, Kenta incontra un MarineAngemon che si attacca subito a lui, ma il ragazzo lo spedisce in battaglia. Azulongmon invia i Domatori nel deserto dal quale erano partiti per tornare a casa e Zhuqiaomon, nonostante sia ancora disgustato della scelta dei Digimon dei Domatori, decide di rispettare ciò e gli permette di andare con i Domatori.
Episodio 41
Ritorno al mondo reale
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Episodio 42
L'arrivo del D-Reaper
I Domatori tornano nel mondo reale. Takato scopre che i genitori di Jeri non la verranno a prendere. Si prende quindi la responsabilità di riaccompagnarla a casa. Sulla strada verso casa, Jeri continua a comportarsi in modo strano. Takato prova a spiegarle i suoi veri sentimenti per lei, ma la ragazza non risponde nemmeno ad una cosa così importante. Takato lascia Jeri alle cure dei suoi genitori e Calumon decide di restare con lei. Il padre di Jeri è molto arrabbiato con lei. Tornando a casa, Takato sente al telegiornale che il D-Reaper è stato avvistato nel mondo reale. Takato, Henry e Rika, pensando ed agendo separatamente, decidono di fare qualcosa per fermarlo e sgaiattolano via, incontrandosi poi all'ingresso del tunnel che porta al Parco di Shinjuku.
Episodio 43
Chi trova un amico
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Episodio 44
Il potere di Dobermon
Una ragazza misteriosa, Alice McCoy, nipote del Pioniere Digitale Rob McCoy, giunge in città con il suo Digimon Dobermon. I due sono stati mandati da Azulongmon per permettere ai Domatori di poter biodigievolvere nuovamente al livello mega. I Domatori vengono a sapere che Dobermon è quindi un regalo ed il Digimon si sacrifica per farli biodigievolvere. I Domatori vengono inoltre informati che la maggior parte del D-Reaper è nel mondo reale e che sta a loro fermarlo.
Episodio 45
Rivelazioni
Durante il combattimento, Gallantmon cade nel D-Reaper e regredisce. Qui Takato e Guilmon incontrano Jeri, ma in realtà la ragazza è diventata parte del D-Reaper. La ragazza si trasforma in un Digimon dipendente dal D-Reaper, chiamato Agente. Lopmon chiede a Suzie di aiutarla a digievolvere così da poter aiutare i suoi amici e digievolvere Antylamon. Calumon sente che Jeri è in pericolo e chiede l'aiuto di Impmon affinché vada con lui a liberarla. Impmon, sentendosi ancora molto colpevole della fine di Leomon, si unisce a lui. Calumon ha scoperto che Jeri è tenuta nella Sfera Kernel. La Sfera Kernel non è nient'altro che il centro d'energia del D-Reaper.
Episodio 46
Alla ricerca di Jeri
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Episodio 47
L'arrivo di Grani
Calumon trova Jeri nella Sfera Kernel del D-Reaper. La ragazza apre gli occhi ma non risponde a Calumon. Nel frattempo, Takato prova a convincere il signor Katou (il padre di Jeri) di smetterla di essere arrabbiato con lei. Yamaki è impegnato con i disegni di una versione più complessa dell'Arca, che lui chiama Grani, ricalcando il nome del famoso cavallo da battaglia, che viene progettata per fungere da destriero di Gallantmon. Jeri ha dei flashback di quando sua madre morì ed inizia a borbottare, spaventando Calumon. Quando arriva un nuovo Agente, il signor Katou si reca da lui e chiede il rilascio di Jeri, ma viene quasi ucciso. Justimon e Guardromon riescono a distruggerlo, ma giunge un altro Agente più grande. Grani arriva finalmente in soccorso e Gallantmon vi sale sopra, vola verso l'Agente e lo distrugge.
Episodio 48
Il cuore di Beelzemon
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Episodio 49
Verso la battaglia finale
Beelzemon, regredito in Impmon, viene salvato dalla cancellazione da Grani, mentre Jeri prova ad uscire dalla Sfera Kernel in cui è intrappolata. La Task Force Globale lancia dei missili speciali pensati per distruggere le comunicazioni interne del D-Reaper, ma questi vengono cancellati quando il D-Reaper evolve nel Mother D-Reaper a causa delle forti emozioni negative di Jeri. Grani libera Impmon, che però è gravemente ferito dall'attacco del D-Reaper. L'evoluzione del D-Reaper costringe i Domatori a ritirarsi. Rika e Takato sono prelevati dalle loro famiglie, mentre Henry rimane in ufficio con il padre. I Pionieri Digitali elaborano un nuovo piano ed Henry convoca Rika e Takato, che lo raggiungono con l'approvazione dei propri genitori. L'episodio termina con Rika e Takato pronti a combattere nuovamente.
Episodio 50
Due ali per Gallantmon
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Episodio 51
La vittoria dei Digimon Tamers
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